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Horizon 2020 ITN funded doctoral position (male or female, H/F) - M/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
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Informations générales

Référence : UMR9002-GIACAV-004
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mercredi 21 novembre 2018
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2150 et 2410 € net mensuels, dépendant des allocations familiales
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Cette thèse de doctorat Européenne, effectué sur un programme ITC appelé ChromDesign, porte sur le rôle de la régulation de la structure des chromosomes sur l'expression génique et la différenciacion cellulaire. Les objectifs du projet du Doctorant seront de comprendre le rôle de i) la liaison à l'ADN, ii) la transcription, iii) les protéines insulatrices et iv) les composants Polycomb dans l'établissement de l'architecture de la chromatine lors de la différenciation neuronale.

Activités

Le génome des eucaryotes supérieurs est organisé en une hiérarchie de structures, allant des boucles de chromatine aux domaines topologiquement associés (TAD), en passant par les compartiments génomiques (GC), et les territoires chromosomiques (CT) co-organisés spatialement dans l'espace 3D de la noyau cellulaire. À chaque niveau, l'architecture de la chromatine est régulée et influence les fonctions du génome, telles que l'expression des gènes, la réplication de l'ADN et la réparation. Des études récentes, y compris des travaux dans notre laboratoires, ont identifié des acteurs qui définissent les boucles, les TAD et les GC, mais leurs mécanismes d'action ne sont pas compris. En particulier, nous avons décrit le fait que les limites des TAD peuvent impliquer des gènes transcrits, mais nous avons montré que l'acte de transcription en soi n'est pas suffisant pour conduire à la formation d'un TAD (Bonev et al., Cell, 2017). De plus, nous savons que CTCF peut former des frontières des TADs, mais son mécanisme d'action est mal connu. En particulier, la drosophile possède également une protéine CTCF qui lie les mêmes motifs de séquence, mais ne suffit pas pour spécifier les frontières des TADs chez cette espèce. Enfin, il a été démontré que les composants de désactivation des gènes du groupe Polycomb induisent la formation d'interactions à très longue distance (ELRI) sur des dizaines de Mb de distance linéaire dans les cellules ES, mais nombre d'entre eux sont perturbés dans les neurones et nous ne savons pas si ceci est important pour la différenciation. Ici, nous allons disséquer ces aspects de la régulation du génome, qui devraient avoir une implication profonde dans la compréhension de la différenciation dans les cellules normales et les maladies (cancer), où l'architecture nucléaire est une modification majeure fréquemment observée mais non comprise.

Compétences

Le doctorant adressera des protéines de liaison à l'ADN à se lier dans une région génomique où il n'y en a normalement pas, ou les empêchera de se lier quand elles le devraient. Nous étudierons ensuite l'effet de la perturbation de la liaison de l'ADN sur l'architecture 3D des domaines chromosomiques, en séparant les effets de la liaison à l'ADN de ceux de l'induction transcriptionnelle.
En outre, le doctorant disséquera la fonction de CTCF de souris versus celle de la protéine homologue de la drosophile. Nous allons essayer de remplacer le CTCF de souris par son homologue de mouche et d'étudier la viabilité des cellules et la fonction du génome. Inversement, nous allons exprimer la protéine de souris chez la mouche. Nous allons également les disséquer davantage en effectuant des échanges partiels du seul domaine de liaison à l'ADN ou d'une partie de sa partie intrinsèquement désordonnée. La Hi-C et la microscopie identifieront les portions de protéines impliquées dans les fonctions spécifiques à l'espèce pour ce gène. Enfin, l'étudiant analysera la fonction spécifique d'un groupe de protéines PcG, notamment les composants PHC1, PHC2 et PHC3 du complexe PRC1. L'expression de ces gènes varie au cours de la différenciation neuronale, parallèlement à la forte perte d'ELRI. Nous identifierons laquelle de ces protéines peut remplir cette fonction et étudierons ses mécanismes d'action ainsi que les conséquences des ELRI dans la différenciation neuronale
En somme, les compétences attendues impliquent:

- culture cellulaire
- biologie moléculaire et cellulaire
- microscopie à fluoréscence à haute résolution spatiale
- génomique et épigénomique
- bio-informatique appliquée à la génomique et à l'imagerie
- anglais niveau 2 minimum

Contexte de travail

L'étudiant(e) sera basé à IGH, Montpellier. L'IGH est un institut phare pour la recherche en sciences de la vie et est situé dans la ville animée de Montpellier, dans le sud de la Côte d'Azur. Il offre des équipements et des installations de pointe dans un environnement international de premier ordre. À l'IGH, l'étudiant(e) sera encadré(e) par Giacomo Cavalli, par une postdoc du laboratoire, Ivana Jerkovic, et par un chercheur permanent, Frédéric Bantignies. Cette thèse sera réalisée dans le cadre du programme ChromDesign ITN de l'Union européenne, dans le cadre du programme H2O20. Dans le cadre de ce programme, des détachements seront effectués au CRG, à Barcelone, sous la supervision de L. Di Croce et M. Martí-Renom et dans le laboratoire de Tony Kouzarides, du Milner Therapeutics Institute, de l'Université de Cambridge, au Royaume-Uni. Cela permettra d'élargir l'expertise en établissant des liens avec les universités et le secteur privé.

Contraintes et risques

Aucun risque spécifique. Ce travail exige un engagement fort en matière de science fondamentale, un esprit d'équipe, de la créativité et une approche rigoureuse de la recherche

Informations complémentaires

Pour cette embauche, il est impératif que, en plus de la candidature via le Portail d'emploi, les candidats postulent via le site Web de ChromDesign, disponible à l'adresse http://www.chromdesign.eu/call-for-applicants/ Sans cette seconde candidature, les candidats ne seront pas considérés comme éligibles

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