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Portail > Offres > Offre UMR9002-EDOBER-003 - ingénieur en analyse d'images biologiques (H/F)

ingénieur en analyse d'images biologiques (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 14 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR9002-EDOBER-003
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 23 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2161 - 2280 euros brut /mois selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Analyser l'expression des gènes en cellule unique à partir d'images de microscopie haut-débit en smFISH.

Activités

-Analyser des grands ensembles d'images de 'single molecule FISH' (smFISH) à l'aide d'outils existants.
-Adapter et développer des outils d'analyse d'image afin de répondre à des questions spécifiques (traditionnels et d'intelligence artificielle).
-Traiter les mesures réalisées sur les images pour répondre à des questions biologiques.
-Générer des figures, participer à la rédaction d'articles, faire des présentations orales.
-Gérer les données dans le respect des principes FAIR

Compétences

Master en Biologie, Bio-informatique ou Biophysique. Compétence et/ou familiarité avec les scripts Python, les concepts et les outils d'analyse d'images. Intérêt marqué pour travailler au sein d'une collaboration interdisciplinaire et pour travailler de manière autonome tout en étant intégré dans une équipe.

Contexte de travail

Caractériser l'expression des gènes au niveau des cellules individuelles et dans le contexte de l'espace cellulaire est un défi difficile qui entraîne d'importantes percées conceptuelles. Les ARN messagers sont synthétisés au niveau d'un gène dans le nucléoplasme et traduits en protéines à des emplacements cytoplasmiques spécifiques. Le FISH à molécule unique (smFISH) identifie et localise toutes les molécules d'ARNm produites par un gène donné, dans chaque cellule de grandes populations. Le smFISH possède donc des avantages uniques pour étudier l'expression des gènes, la localisation de l'ARNm et la traduction locale. Dans ce projet, nous utiliserons des approches d'analyse d'images traditionnelles et IA pour traiter des cribles smFISH à grande échelle. Le candidat utilisera, adaptera et développera des outils d'analyse existants pour répondre à plusieurs questions biologiques liées à la localisation et à la traduction locale de l'ARN. Par exemple, le candidat devra : (i) quantifier la localisation de l'ARN à proximité des corps P (petites structures cytoplasmiques), et comment cela varie d'une cellule à l'autre ; (ii) quantifier la localisation de l'ARN dans les neurones et comment le modèle de localisation de l'ARN est modifié dans les maladies neurodégénératives. Les données seront fournies par l'équipe biologique et seront analysées par le candidat.

Le travail sera réalisé dans les équipes de Thomas Walter (Ecole des Mines, Paris;https://thomaswalter.github.io), Florian Müller (Institut Pasteur Paris; https://research.pasteur.fr/fr/member/florian-muller/); et Edouard Bertrand (IGH/CNRS, Montpellier; https://www.igh.cnrs.fr/en/).

Contraintes et risques

Travail avec des équipes localisées sur Paris et Montpellier.

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