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L'infrastructure Nationale France-Biomaging recherche un inénieur logiciel (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 14 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR9002-EDOBER-002
Lieu de travail : PARIS 15
Date de publication : jeudi 23 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2204 - 2325 euros brut /mois selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Participer au projet "DATA" de l'infrastructure France-BioImaging, qui est dédié à l'imagerie biologique (voir https://france-bioimaging.org/). L'objectif des travaux sera de créer des bases de données d'images annotées adaptées à l'apprentissage automatique et de mettre en place des défis de R&D pour résoudre des goulots d'étranglement dans l'analyse des images biologiques.

Activités

-Participer à l'identification des questions clés dans l'analyse des images biologiques.
-Déployer et configurer des systèmes de gestion de bases de données d'images (OMERO par défaut) et développer des outils pour faciliter l'annotation manuelle des images.
-Mobiliser la communauté des producteurs d'images pour alimenter cette base de données.
-Organiser des compétitions R&D qui utilisent ces bases de données, et qui mobilisent la communauté internationale : communiquer (newsletter, site internet, Twitter, etc.), définir le déroulement des compétitions, développer leurs outils informatiques, organiser l'événement, identifier et évaluer les résultats des participants.
-Suivre les initiatives similaires dans la communauté nationale et internationale, notamment en Europe.

Compétences

-Master.
-Expérience en programmation.
-Expérience en machine learning et évaluation de ses méthodes.
-Une expérience des défis est un plus.
-Une expérience dans l'analyse d'images et certains de ses outils logiciels de base (par exemple Image J/FiJi, Icy, Ilastik, ImJoy...) est un plus.
-Connaissance d'au moins un logiciel de gestion de données d'images (par exemple OMERO) ou des architectures client-serveur.

Contexte de travail

France-BioImaging est une infrastructure de recherche distribuée qui travaille au carrefour de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique, de l'ingénierie, des mathématiques et de l'informatique. Cette infrastructure unique regroupe des plateformes d'imagerie majeures en France et des équipes de recherche réalisant de la R&D dans le domaine de la bioimagerie. L'infrastructure vise à développer de nouveaux outils d'analyse d'images basés sur le deep learning. Pour cela, l'ingénieur travaillera avec une équipe d'environ 10 personnes qui mettra en œuvre le projet "DATA" de France-BioImaging. L'ingénieur sera basé à Paris et sera sous la supervision directe des Drs. C. Zimmer (Pasteur) et T. Walter (Ecole des Mines).

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