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Post-Doctorant(e) (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR8227-SOPLAB-009
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : lundi 14 mai 2018
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 28 mois
Date d'embauche prévue : 3 septembre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2582.38 et 3 512 bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Les interactions entre un hôte et son microbiome ont un fort impact sur « la fitness » de ces organismes et les interactions bénéfiques sont souvent basées, en partie, sur une complémentarité métabolique entre les partenaires. Cette complémentarité peut être prédite in silico à l'aide des modèles métaboliques.

Le ou la post-doctorant(e) retenu(e) travaillera dans le cadre d'un projet financé par le CNRS, avec deux objectifs principaux :
1) établir l'algue brune Ectocarpus en tant que modèle d'hôte afin de prédire les interactions bénéfiques entre cet hôte et différentes bactéries et tester ces prédictions.
2) étudier les processus qui se produisent lorsque l'équilibre entre l'hôte et la flore bactérienne est perturbé par un stress abiotique, qui sera dans notre cas une augmentation de la température. Une description détaillée du projet est disponible sur demande (anglais seulement)

Activités

- Analyse d'une collection de cultures bactériennes déjà existante, séquençage de génomes bactériens (culture, extraction d'ADN, séquençage) ; Isolement de nouvelles souches bactériennes.

- Analyse des génomes bactériens (assemblage, annotation automatique, construction des réseaux métaboliques, prédiction des complémentarités métaboliques à l'aide d'un « pipeline » développé par nos collaborateurs à l'IRISA Rennes).

- Cultures d'algues (Ectocarpus) axéniques et co-culture avec une sélection de bactéries. Expérimentations d'acclimatation à un changement de température en co-cultures.

- Analyse d'expression de gènes (métatranscriptomique) pour les expériences d'acclimatation sélectionnées (mapping, comptage des reads, analyse statistique...).

- Interprétation et valorisation des résultats (publication(s), conférences).

Compétences

- Microbiologie.

- Biologie moléculaire (extraction d'ADN/ARN, PCR, idéalement préparation de banques de séquençage).

- Expérience dans l'analyse de grands jeux de données (utilisation d'outils bio-informatiques en ligne de commande / R, analyse d'expression de gènes).

- Un intérêt pour le métabolisme ainsi qu'une première expérience dans l'annotation d'un génome serait un plus.

- Qualités personnelles : Capacité de travailler en équipe (interactions avec les membres de l'équipe, les plateformes de séquençage et de bio-informatique, ainsi que nos collaborateurs à Rennes), diligence, persévérance face aux difficultés techniques possiblement rencontrées), autonomie, curiosité et esprit d'ouverture vers de nouvelles approches

Des formations peuvent être proposées pour les techniques spécifiques de biologie moléculaire, les analyses bio-informatiques et surtout l'analyse des réseaux métaboliques en collaboration avec nos partenaires rennais.

Contexte de travail

L'UMR 8227 « Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles marins [LBI2M CNRS-SU] » est une unité de recherche multidisciplinaire (biologie/chimie/écologie) qui s'intéresse à un large éventail d'organismes marins, tels que les métazoaires, les macroalgues et les bactéries, des modèles biologiques qualifiés d'émergeants. Elle est localisée à la Station Biologique de Roscoff, une station de recherche marine avec un peu plus de 300 employés, située dans un petit village sur la côte nord du Finistère (Bretagne). Le/la candidat(e) sera intégré(e) dans l'équipe « Biologie des algues et interactions avec l'environnement (ABIE) » dirigée par Catherine Leblanc, qui s'intéresse particulièrement aux réponses métaboliques des algues face aux stress biotiques et abiotiques, et à la défense et à la signalisation chimique des algues brunes (Ectocarpus, Laminaria, Saccharina) lors des interactions avec les herbivores ou avec les endophytes. En étudiant la biologie de l'holobionte, c'est-à-dire des algues et de leur microbiome, nous cherchons également à mieux comprendre le rôle des bactéries associées dans la physiologie des algues. En parallèle, l'accès aux génomes d'algues modèles et de bactéries associées nous permet d'explorer les fonctions de certaines voies métaboliques originales, par des approches de génomique fonctionnelle.

Les candidats devront avoir une thèse en (micro)biologie, écologie, ou similaire. Le contrat commencera en septembre 2018.. Les candidatures seront acceptées jusqu'au 15 juin 2018.

Informations complémentaires

Les candidats devront avoir une thèse en (micro)biologie, écologie, ou similaire. Le contrat commencera en septembre 2018, Les candidatures seront acceptées jusqu'au 15 juin 2018.

Contact: simon.dittami@sb-roscoff.fr

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