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Portail > Offres > Offre UMR8227-FRELER-002 - Ingénieur d'étude en microbiologie moléculaire H/F

Ingénieur d'étude en microbiologie moléculaire H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 15 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR8227-FRELER-002
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : vendredi 24 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2109.46€ et 2688.84€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Il/elle effectuera des expériences de microbiologie moléculaire sur des populations naturelles de bactéries marines (les vibrios) et leur prédateurs les phages (les vibriophages), dans le cadre du projet ANR RESISTE, qui vise à comprendre l'origine, l'évolution et les mécanismes de la résistance aux antimicrobiens.

Activités

- Rechercher une corrélation entre résistance aux métaux lourds (à déterminer) et résistance aux antibiotiques (fait) chez des populations naturelles de vibrios (bactéries marines de niveau P1).
- Générer des mutants de vibrios marqués par un chromophore pour des expériences de compétition in vitro et in vivo.
- Explorer l'émergence de résistance contre des phages modèles dans des milieux synthétiques ou naturels. Les souches résistantes et leur ancêtre seront testés en par des expériences de compétition in vitro et in vivo.
- Générer une série de mutants dans des gènes ou éléments génétiques mobiles potentiellement impliqués dans la résistance aux antimicrobiens.

Compétences

- Mettre en œuvre des techniques de microbiologie (culture de bactéries et de phages) et de biologie moléculaire (PCR, clonage, GIBSON, mutagénèse, préparation de banque pour le séquençage de génomes)
- Maitriser les logiciels de routine de clonage (i.e. Serial cloner ou bioedit ; primer design)
- Optimiser, développer des protocoles de mutagénèse
- Documenter ses résultats
- Gérer des collections de souches
- Communiquer avec les membres de l'équipe et collaborateurs

Compétences comportementales
- Capacité de raisonnement analytique
- Rigueur, organisation
- Gout pour le travail d'équipe

Contexte de travail

Ce travail sera réalisé dans l'équipe « Genomique des Vibrios » (responsable Frédérique Le Roux), UMR CNRS SU 8227, (Directeur Stéphane Egée), station biologique de Roscoff. Le programme de l'équipe vise 1) à comprendre la résistance aux antibiotiques et 2) à identifier les bases génétiques, mécanistiques et évolutives des interactions bactérie-phage dans des populations naturelles de vibrios. L'équipe est constituée de 8 personnes (1 directrice de recherche, 1 chercheur, 1 ingénieur de recherche, 2 techniciens, 1 post doc, et 2 masters). Ce projet bénéficie de financements ANR (RESISTE) et ERC advanced (DYNAMIC).
Publication récente liées au projet :
1- Piel D, Bruto M, Labreuche Y, Blanquart F, Chenivesse S, Lepanse S, James A, Dubert J, Petton B, Lieberman E, Wegner KM, Hussain FA, Kauffman KM, Polz MF, Bikard D, Gandon S, Rocha EPC and Le Roux F*.. Phage-host coevolution in natural populations. In press in Nature Microbiology.
2- Hussain FA, Dubert J, Elsherbini J, VanInsberghe MD, ArevaloP, KauffmanK, Kotska Rodino-Janeiro, Gavin H, Gomez A, LopatinaA, Le Roux F*, Polz MF*. Rapid evolutionary turnover of mobile genetic elements drives bacterial resistance to phages. Science 2021 374 (6566), 488-492.
Ce projet bénéficie de plus d'une collaboration avec Eduardo Rocha à l'Institut Pasteur (analyse des génomes, bioinformatique).

Contraintes et risques

Pas de risque biologique, l'ensemble des microbes étudiés correspondent au niveau P1.

Informations complémentaires

Les candidatures doivent se faire via le site CNRS, pas de candidatures par mail.

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