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Post-doctorant H/F en génomique des populations de diatomées

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR8197-NATBOI-029
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 22 novembre 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Rémunération comprise entre 2695 et 3841 euros brut/mois selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Pour étudier de façon significative la façon dont les diatomées peuvent réagir au changement climatique, il est nécessaire d'explorer la relation fondamentale entre leurs génomes (la meilleure source d'information concernant leur histoire évolutionnaire), la dynamique de leurs populations et leur réponse aux fluctuations environnementales. Les vastes ressources disponibles de Tara Oceans offrent des opportunités sans précédent pour aborder ces concepts fondamentaux parce qu'ils constituent le premier ensemble de données cohérent et hautement contextualisé des communautés planctoniques à couverture mondiale. Les données de Tara Oceans offrent des possibilités supplémentaires de relier l'information génotypique à l'information phénotypique en utilisant de vastes bases de données d'images qui contiennent une mine d'informations morphologiques.

Activités

Pour révéler les modèles d'adaptation des diatomées, les travaux se concentreront sur le genre Chaetoceros. Dans un premier temps, les génomes, épigénomes et transcriptomes de référence nouvellement disponibles seront caractérisés par la génomique fonctionnelle et comparative. Ils seront ensuite utilisés pour interroger les ensembles de données de Tara Oceans afin d'explorer la diversité et l'abondance mondiales, ainsi que la sensibilité des différents génotypes et leurs profils d'expression génétique aux conditions environnementales. Cela permettra d'évaluer la sélection naturelle en identifiant les gènes présentant de fortes tendances de sélection positive. Le postdoc calculera ensuite l'indice de fixation (Fixation Index ; Fst) couplé aux distances Lagrangienne pour dériver des métriques sur l'échange démographique entre des endroits discrets dans l'océan global. Pour ce faire, le postdoc utilisera une approche multilocus avec des marqueurs identifiés en comparant les génomes, les épigénomes et les variations d'expression du Chaetoceros. En l'absence de marqueurs forts, le postdoc cherchera les signatures des variations qui ne sont pas basées sur des gènes spécifiques. Pour cela, il/elle utilisera une détection sans référence, par exemple DiscoSnp+++. L'ensemble de données d'images à haute resolution en microscopie confocale à base d'images provenant d'échantillons prélevés dans toutes les stations d'échantillonnage de Tara Oceans constituera une ressource supplémentaire pour évaluer l'hétérogénéité de la population de diatomées. Les mesures des différences génétiques et phénotypiques entre les populations fourniront des mesures de la connectivité biologique réalisée au sein de la métapopulation de diatomées, et en la comparant à la connectivité physique par les courants océaniques, le post-doc obtiendra un aperçu de l'isolement réel des populations.

Compétences

Le/la candidat.e doit :
- avoir un savoir-faire en génomique
- maitriser la bioinformatique, notamment la génétique et/ou la génomique des populations
- avoir une expérience en analyse de big data
- une expérience sur l'étude des algues le serait également mais n'est pas requise
- être rigoureux.se et organisé.e afin de mener plusieurs activités en parallèle
- être capable de travailler collégialement et faire preuve de souplesse et de bienveillance pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l'équipe
-Maitrise de l'anglais (oral et écrit).

Contexte de travail

L'équipe d'accueil Plant & Diatom Genomics propose un environnement de travail convivial dirigé par Chris Bowler (ibens.ens.fr). Elle comprend 3 étudiants en thèse, 9 post-docs, 2 enseignantes-chercheuses et 2 Directeurs de Recherche CNRS. Les travaux de l'équipe portent sur les mécanismes par lesquels l'environnement peut influencer la structure et les dynamiques des génomes en tant que mécanisme adaptatif au cours de la vie et au cours de l'évolution des espèces photosynthétiques. Cette thématique utilise principalement deux organismes photosynthétiques comme systèmes d'étude : la plante modèle Arabidopsis thaliana ainsi que des espèces modèles du phytoplancton, les diatomées marines Phaeodactylum tricornutum et Fragiliaropsis cylindrus. Le projet actuel est financé par le European Research Council.
L'Institut de biologie de l'École normale supérieure (IBENS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé dans le quartier latin au centre de Paris, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). Cette unité mixte CNRS/Inserm/ENS comprend environ 320 agents, répartis en 29 équipes de recherche et soutient l'emploi des minorités.

Informations complémentaires

Contrat initial 12 mois, potentiellement reconductible pendant 4 ans

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