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Chercheur H/F en biologie végétale

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Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR8197-NATBOI-022
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mardi 13 août 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2695 € et 3840 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le projet développé à l'IBENS vise à appréhender la distribution évolutive et les fonctionnes environnementals des protéines qui se trouvent chez les chloroplastes partout de l'arbre de la vie éukaryotique. Cela sera utilisé pour mieux comprendre comment les algues différentes s'adaptent à leur environnement, soit à travers des phénomènes à long terme qui influencent les processus évolutifs soit par des mécanismes d'adaptation et d'acclimatation à plus court terme; et d'identifier des nouveaux protéines contribuant au succes des algues qui pourrait être utilisé potentiellement pour augmenter la productivité photosyntheique des plantes terrestres. Le projet implique la caractérisation protéomique des chloroplastes isolées des algues marines, notamment le dinoflagellé Amphidinium, qui sera supplémentée par le développement des outils informatiques informés par données expérimentales. Au même temps, le candidat utilisera un système biologique simple mais performant, la diatomée modèle Phaeodactylum tricornutum, pour appréhender les liens entre le protéome des chloroplastes et l'adaptation des algues aux conditions environnementales, par exemple en créant les lignées transgéniques mutées pour protéines intéressantes.

Activités

Le candidat s'occupera avec deux projets expérimentales : d'abord, le développement des techniques biochimiques pour la purification des chloroplastes, ou l'enrichissement de ces organelles avec un gradient de centrifugation, avec le modèle dinoflagellée Amphidinium. Ces extraits cellulaires seront utilisés pour mass spectrometrie, soit en forme classique, soit en forme quantitative (« LOPiT »), avec le soutiens de Prof. Kathryn Lilley et Prof. Ross Waller (Univ. Cambridge), pour mieux comprendre les contenus de cet organelle chez les dinoflagellés. Le candidat pourra développer ainsi des outils informatiques pour prédire comment les protéines sont envoyées vers les chloroplastes dans les autres espèces de dinoflagellées, pour enfin mieux comprendre la diversité des voies métaboliques hébergées chez les chloroplastes.

Le deuxième projet s'occupera de la caractérisation fonctionelle des protéines qui se trouvent uniquements dans les chloroplastes des algues originées par endosymbiotes secondaires, et qui n'existent pas chez les plantes. Le candidat produira ses propres lignées de mutants de protéines clés dans la diatomée Phaeodactylum, par CRISPR-CAS9 ; idéntifiera les lignées mutantes réussissantes par la génotypage en haut-débit ; et enfin caractérisera ses mutants, par cytométrie de flux, photo-physiologie, et transcriptomique. La candidat participera au choix des gènes à cibler. Le candidat aura ainsi la possibilité de créer des mutants dans deux autres espèces, Cyclotella (une diatomée qui est facultativement non-photosynthetique) et Nannochloropsis (un espèce d'eustigmatophyte riche en huiles naturelles), en collaboration avec Prof. Angela Falciatore (IBPC, Paris) et Prof. Hanhua Hu (Univ. Wuhan, Chine).

Compétences

Le/la candidat.e doit :
- avoir un savoir-faire en culture de cellules (prokaryotes et/ou eukaryotes) sous hotte à flux laminaire
- avoir une bonne formation en techniques moléculaires (PCR, qPCR, transcription en réverse…)
- avoir une expérience en analyse de protéines, idéalement western blot, immuno-précipitation, et préparation des échantillons protéiques
- une expérience dans la séparation des organelles par centrifugation par gradient constituera un plus appréciable
- une formation basique dans l'analyse quantitatives des données (R, MatLab…) et un ou deux langages de programmation (Perl, Python) le serait également désiré mais n'est pas requise
- être rigoureux.se et organisé.e afin de mener plusieurs activités en parallèle
- être disposé.e à des discussions en anglais
Niveau de recrutement : Post-doc.

Contexte de travail

L'équipe d'accueil Plant & Diatom Genomics propose un environnement de travail convivial dirigé par Chris Bowler (ibens.ens.fr). Elle comprend 3 étudiants en thèse, 9 post-docs, 2 enseignantes-chercheuses et 2 Directeurs de Recherche CNRS. Les travaux de l'équipe portent sur les mécanismes par lesquels l'environnement peut influencer la structure et la dynamiques des génomes en tant que mécanisme adaptatif au cours de la vie et au cours de l'évolution des espèces photosynthétiques. Les activités quotidiennes du candidat seront dirigés par Dr. Richard Dorrell, post-doc dans l'équipe, et récipient d'une bourse du trois ans de CNRS pour réaliser ce projet.

L'Institut de biologie de l'École normale supérieure (IBENS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé dans le quartier latin au centre de Paris, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). Cette unité mixte CNRS/Inserm/ENS comprend environ 320 agents, répartis en 29 équipes de recherche et soutient l'emploi des minorités.

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