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Portail > Offres > Offre UMR8187-LUIART-002 - Ingénieur d'Etudes en cytométrie en flux et approches automatisées pour l'étude du phytoplancton. H/F

Ingénieur d'Etudes en cytométrie en flux et approches automatisées pour l'étude du phytoplancton. H/F


Date Limite Candidature : jeudi 3 décembre 2020

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Informations générales

Référence : UMR8187-LUIART-002
Lieu de travail : WIMEREUX
Date de publication : jeudi 12 novembre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2109,55 et 2375,03 Euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

L'ingénieur(e) d'études spécialisé(e) en cytométrie en flux et approches automatisée pour l'étude du phytoplancton assurera le traitement de données acquises lors de différentes campagnes océanographiques ainsi qu'à l'acquisition de nouvelles mesures de terrain. Il/elle aura des notions de mesures fluorimétriques et imagerie, ainsi que de traitement du signal, d'image et/ou d'automatisation des techniques d'analyse et de reconnaissance ; Il/elle participera à des tests d'outils de classification et d'analyse existantes pour qualifier et exploiter les données brutes produites par des techniques automatisées d'observation et discrimination in vivo des groupes fonctionnels phytoplanctoniques, dont la cytométrie en flux automatisée et l'imagerie en flux et/ou fluorimétrie multi-spectrale. Il/elle participera à la mise en place d'outils de visualisation des données issues de ces traitements, pour répondre notamment aux besoins de recherche dans le cadre du Projet JERICO S3 (Joint European Research Infrastructure for Coastal Observatories– www.jerico-ri.eu), contribuant ainsi à la mise à disposition d'outils pour les analyses automatisées et la visualisation des résultats dans une plateforme d'accès virtuelle internationale.

Activités

- Participation à des nouvelles mesures de terrain au moyen de cytomètres en flux automatisés avec/sans acquisition d'image et fluorimètres multispectraux.
- Traitement et analyse des données issues de différentes campagnes de mesure en vue de leur interprétation.
- Test de scripts déjà développés pour la classification et l'analyse de données automatisées.
- Participation au test et à l'optimisation d'outils et interfaces existantes pour la classification de signaux optiques (cytométrie, fluorimétrie) et images phytoplanctoniques.
- Géstion des sorties de calculs scientifiques et participation à la création d'outils permettant d'optimiser leur exploitation jusqu'à leur visualisation
- Alimentation et mise à jour et maintien d'une base de données.
- Participation/test de la mise en place une(des) interface(s) de programmation (API) pour l'interaction avec la base de données et/ou les méthodes d'analyse.
- Documentation et publication des résultats des méthodes/outils de traitement et analyses effectuées
- Effectuer des présentations afin d'assurer un transfert de connaissances et de compétences
- Participer à la création et maintenance d'un site d'accès virtuel aux outils d'analyse automatisé pour la communauté internationale

Compétences

- Connaissances solides en océanographie et biodiversité microbienne et planctonique
- Connaissance de méthodes d'analyses statistiques (analyses descriptives, classification, analyse de séries temporelles)
- Être force de proposition pour la gestion et l'analyse d'importants jeux de données et la représentation des sorties générées par diverses analyses statistiques.
- Connaissance d'outils de programmation (R, Python, Matlab, etc.)
- Bonne pratique de l'anglais
- Forte capacité d'autonomie
- Bonnes qualités relationnelles et capacité à interagir avec des acteurs de profils variés (chercheurs de diverses disciplines)
- Forte capacité d'adaptation

Contexte de travail

Les activités de l'ingénieur(e) s'exerceront au sein de l'équipe Ecologie Pélagique Planctonique du Laboratoire d'Océanologie et Géosciences (CNRS UMR 8187 LOG - ULCO - U Lille), sous la responsabilité du responsable d'équipe et coordinateur LOG du partenariat CNRS du projet européen H2020 JERICO S3 (2020-2024, www.jerico-ri.eu) et co-responsable de l'axe 1 « Observation » du projet CPER MARCO (2016-2021). Le travail se fera en collaboration avec les membres de l'équipe et de chercheurs des laboratoires partenaires des projets cités.
Tout particulièrement, l'Ingénieur(e) aura pour mission de mettre en œuvre des mesures et traitements de données issues de missions et campagnes de mesures automatisées par la cytométrie en flux et la fluorimétrie multispectrale, à partir d'outils de classification automatisés, ainsi que d'entretenir les bases de données et de participer à la mise place un système de visualisation et d'accès virtuel du projet Européen JERICO S3, en interaction avec des scientifiques à l'origine du développement de ces outils du Laboratoire d'Informatique et traitement du Signal du Littoral (LISIC-ULCO) de Calais et du Laboratoire d'Environnement Ressources (LER/BL IFREMER) de Boulogne sur Mer.
Il(elle) devra aussi mettre à jour et entretenir une base de données couplant mesures brutes et élaborées de différents capteurs automatisés in vivo (in situ et ex situ) et de mettre en place des méthodes d'analyse descriptives de larges jeux de données.
Il participera aux réunions (virtuelles ou en présentiel) de travail à la fois de l'Equipe ECOP² comme du consortium JERICO S3 et du projet CPER MARCO et présentera les outils développés au sein d'ateliers et congrès nationaux et internationaux.

Contraintes et risques

- Une partie du travail pourra être réalisée en télétravail avec outil de travail pourvu par le laboratoire (notamment au démarrage, étant donné la situation actuelle de pandémie).
- Une partie du travail devra être réalisé au laboratoire en présentiel en respectant les consignes et contraintes sanitaires du laboratoire et de ses tutelles (CNRS, ULCO, U Lille).
- Dès que possible, déplacements en France et à l'étranger pour des réunions de travail et présentation dans des congrès internationaux.

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