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Portail > Offres > Offre UMR8079-TATGIR-016 - Post-doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons (H/F)

Post-doctorat en génomique évolutive de chromosomes sexuels de champignons (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 4 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR8079-TATGIR-016
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 13 juin 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2743,70 et 3161,13 euros nets mensuels selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Post-doctorat en génomique évolutive pour analyser l'évolution des chromosomes sexuels de champignons par des approches de génomique évolutive, au sein du laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution de l'université Paris Saclay à Orsay.

Activités

-Analyses de chromosomes sexuels à partir de jeux de données haut-débit de génomes entiers Illumina, PacBio et MinION (SNP, variants structuraux, éléments transposables, pan-genome, graph de recombinaison ancestral et/ou marques de méthylation, …)
-Analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, sélection, synténie)
-Participation possible à la génération de données (participation à la gestion des souches, de la culture de l'extraction d'ADN, du séquençage MinION)
-Rédaction de publications
-Veille en bioinformatique et génomique évolutive
-Savoir assurer une traçabilité et fiabilité des résultats
- Participer à la formation des nouveaux membres de l'équipe aux méthodes utilisées et aux bonnes pratiques de laboratoire

Compétences

-Maîtrise des analyses bioinformatiques sur des données de séquençage à haut-débit
-Maîtrise d'au moins un langage de programmation machine (C ,C++, java), un langage de script (python, perl), du logiciel R et d'un interpréteur shell Unix
-Connaissances générales en biologie, statistiques, et connaissances approfondies en biologie de l'évolution et génomique évolutive
-Maîtrise des outils de représentation des données (par exemple réaliser des représentations graphiques en utilisant le langage R)
-Maîtrise des analyses de génomique évolutive (phylogénomique, orthologie, synténie, détection de sélection, SNP, variants structuraux, éléments transposables, pan-genome, ancient recombination graphs et/ou marques de méthylation, …)
- Maîtrise des dépôts de pipelines d'analyses dans les banques publiques telles que GitHub
-Maitrise de l'anglais (oral et écrit).
- Capacité d'organisation et de planification.
- Rigueur et autonomie.
- Capacité d'initiative
- Aptitude à travailler en équipe et à s'inscrire dans des projets collectifs
- Assurer la traçabilité des données traitées et la reproductibilité des analyses réalisées
-Capacité à transmettre ses connaissances techniques et son savoir-faire
-Capacité à adapter ses compétences aux évolutions permanentes de son domaine
-Capacité à diffuser ses résultats scientifique par écrit et par oral
-Capacité à rédiger des articles scientifiques

Contexte de travail

L'unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTEch et Université Paris Saclay, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l'origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l'évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L'unité est localisée sur le campus scientifique de l'université Paris-Saclay au sein de l'IDEEV (Institut Diversité Ecologie et Evolution du Vivant) et compte 125 personnes et dispose d'une serre, de laboratoires de biologie moléculaire et de culture in vitro.
Le post-doc travaillera au sein de l'équipe “Génétique et écologie évolutives”, dans le groupe de Tatiana Giraud composé d'1 DR, 1 CR, 1 MdC, 3 post-doc, 4 thésards, 1 IR, 1 IE. Le poste se place au sein d'un projet ERC visant à comprendre l'évolution des chromosomes sexuels de champignons. Le CDD est pour 12 mois initialement mais est prolongeable éventuellement jusque 3 ans.

Contraintes et risques

Pas de risques au-delà de ceux classiques de travail dans un bureau

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