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Post-doc en Protistologie H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR8079-SANDES-001
Lieu de travail : ORSAY
Date de publication : mardi 7 mai 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 9 mois
Date d'embauche prévue : 1 juin 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2693 € et 4000€ Bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le(a) candidat(e) participera au projet Europée, un ERC Advanced Grant PLAST-EVOL, qui vise à mieux connaître les premières étapes de l'endosymbiose à l'origine des plastes chez les eucaryotes.
Dans ce cadre, le(a) candidat(e) participera à la préparation de matériel (ARN et ADN) pour le séquençage de transcriptomes et de génomes pour des analyses ultérieures.

Activités

Les activités concernent la préparation de cultures de microorganismes eucaryotes, l'extraction d'ARN et d'ADN pour le séquençage massif avec des techniques NGS (Illumina et Nanopore), l'assemblage des données de séquence et la réalisation des premières analyses bioinformatiques pour évaluer la qualité des données obtenues (qualité des séquences, détection de contaminations).

Compétences

Il sera nécessaire un haut niveau de connaissances dans l'analyse de transcriptomes et/ou de génomes pour les étapes d'assemblage, nettoyage de données, annotation et analyse phylogénétique.
L'expérience dans la maintenance de cultures de protistes sera aussi requise.
Langues anglais (écrit, oral)
Autonomie, capacité d'organisation.
Capacités de synthèse et d'analyses critiques.

Formation :
Diplôme exigé : doctorat
Domaine de formation : Biologie, phylogénie, génomique
Niveau : débutant(e) accepté(e) et jusqu'à 10 ans d'expériences

Contexte de travail

L'unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est un laboratoire CNRS - Université Paris-Sud - AgroParisTech, localisé sur le campus de l'Université Paris-Sud, Université Paris-Saclay à Orsay. Le campus est situé à 20 kms au sud de Paris et facilement accessible en RER. L'ESE conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l'origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l'évolution et le fonctionnement des écosystèmes. Les approches menées pour ces objectifs reposent sur une synergie entre observations in situ, expérimentation, et modélisation mathématique.
L'ESE est structuré en six équipes. Le(a) candidat(e) mènera son travail au sein de l'équipe DEEM (Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes: http://www.deemteam.fr) qui s'intéresse à la diversité des microorganismes et à leur évolution en utilisant des approches de phylogénie moléculaire et de génomique comparative. Le(a) candidat(e) travaillera en collaboration étroite avec les autres membres de l'équipe impliqués dans le projet PLAST-EVOL.

Contraintes et risques

Aucun

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