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Portail > Offres > Offre UMR7289-TAAIHE-005 - Chef-fe de projet ou expert-e en neuroimagerie et gestion de données (H/F)

Chef-fe de projet ou expert-e en neuroimagerie et gestion de données (H/F)


Date Limite Candidature : jeudi 29 octobre 2020

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Informations générales

Référence : UMR7289-TAAIHE-005
Lieu de travail : MARSEILLE,MARSEILLE 05
Date de publication : vendredi 18 septembre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2510 et 2694 € bruts mensuel selon expériences
Niveau d'études souhaité : Ingénieur
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le projet SulcalGRIDS (Dynamique de la morphologie corticale pendant le développement de l'enfant) est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) pour quatre ans, à partir de janvier 2020. SulcalGRIDS vise à élaborer un nouveau modèle de morphogenèse corticale qui pourrait expliquer comment le cortex cérébral humain la complexité de la forme émerge au cours du développement. Un tel modèle contribuerait au développement de nouveaux biomarqueurs du développement atypique précoce et à mieux comprendre la physiopathologie des troubles neurodéveloppementaux.
Nous appliquerons et évaluerons notre modèle sur une grande base de données de surfaces corticales extraites de données d'IRM fœtales avec une description clinique appropriée, grâce à notre collaboration avec l'unité de neuroradiologie du CHU Timone. Nous visons à inclure toutes les données d'IRM fœtales acquises entre 2009 et 2018 à l'hôpital de La Timone (plus de 800 cas) avec une variété de cerveaux fœtaux pathologiques qui représentent une chance unique d'étudier les malformations corticales chez les fœtus. Nous avons lancé l'agrégation des données et les premières étapes du pipeline de traitement d'images, de sorte qu'à ce jour, cette base de données comprend 257 cas. L'ingénieur-e recruté-e poursuivra cet effort d'organisation et de gestion des données, et contribuera à la mise en place d'un pipeline de traitement d'image dédié.

Activités

1-L'ingénieur-e recruté-e sera en charge de la gestion et de la normalisation des données afin de les rendre accessibles à tous les membres du consortium.
2-L'ingénieur-e recruté-e contribuera à la mise en place et à la validation de pipelines de traitement d'images dédiés aux différents types de scan de neuroimagerie (IRM anatomique et de diffusion). Ces pipelines de traitement combineront plusieurs outils avancés de traitement d'image. L'ingénieur mettra en œuvre des procédures de contrôle qualité et une optimisation empirique des paramètres principaux pour chacun des algorithmes de traitement d'image correspondants.
3-En étroite collaboration avec les membres du consortium, de nouvelles solutions de traitement seront étudiées et évaluées, telles que des approches d'apprentissage en profondeur pour la segmentation d'images.

Compétences

Ce poste s'adresse à un-e candidat-e qui est à l'aise (compétent-e) avec la programmation informatique (python sera notre langage de choix) et possède de bonnes connaissances et / ou expérience en traitement de signaux et d'images. De bonnes connaissances et / ou expérience en apprentissage automatique / science des données / statistiques multivariées seraient un plus. De bonnes compétences en lecture / écriture / communication en anglais sont également essentielles. Une expérience préalable en neurosciences n'est pas une exigence, mais un intérêt pour le domaine et une forte motivation sont bien sûr nécessaires.
Elle peut intéresser différents types de profils. Vous êtes jeune-e diplômé-e (école d'ingénieur ou équivalent) soit en science des données, en électrotechnique ou en neuroimagerie et vous souhaitez développer votre expertise en appliquant vos compétences formelles à un projet innovant d'imagerie médicale. Ou vous avez déjà un doctorat dans un domaine pertinent et vous souhaitez profiter de cette opportunité pour remplir les missions susmentionnées tout en vous impliquant davantage dans les aspects de recherche du projet, ce qui devrait offrir d'excellentes opportunités de publications dans des revues de neurosciences ou méthodologiques.

Contexte de travail

L'Institut de Neurosciences de la Timone (INT) est l'un des meilleurs instituts de recherche en neurosciences français avec 150 collaborateurs réunis en 10 équipes interdisciplinaires examinant différents aspects de l'organisation cérébrale. Il est situé sur le campus médical d'Aix-Marseille Université. Le candidat retenu rejoindra l'équipe du projet SulcalGRIDS au sein de l'INT et interagira avec des neuroscientifiques, des pédiatres ainsi que des spécialistes de l'acquisition et du traitement de données en neuroimagerie. Marseille, deuxième plus grande ville de France, est un pôle dynamique situé sur la rive méditerranéenne, à seulement 2h des montagnes des Alpes.Le poste est initialement ouvert pour un an, avec un renouvellement possible pour un ou deux ans supplémentaires en fonction de l'avancement du projet. La date de début peut être dès novembre 2020 et peut être reportée jusqu'à ce que le poste soit pourvu.

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