Informations générales
Intitulé de l'offre : Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR7280-SEBJAE-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : jeudi 14 novembre 2024
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : de 2540,99€ à 3786,43€ bruts mensuel
Niveau d'études souhaité : BAC+3/4
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Missions
· Traitement et analyse des données bioinformatiques produites par le projet de recherche en relation avec l’équipe.
· Mise au point de plan d’analyse adaptés et production de rapports d’analyse pour communiquer les résultats et les présenter à l’équipe de recherche.
· Collaboration avec l’équipe de recherche et son environnement scientifique, notamment avec les autres bioinformaticiens et bioinformaticiennes du groupe et du CB2M.
Activités
· Intégration au projet de recherche cité, assimilation des questions biologiques posées et mise au point un plan d'analyse bio-informatique adapté.
· Analyse des données du projet ( (scRNA-seq, SnRNAseq, spatial transcriptomic...) : analyse en réduction de dimensionnalité (ACP, t-SNE), expression différentielle, enrichissement fonctionnel, étude d’hétérogénéité cellulaire, dynamique, cell-cell communication...).
· Communication scientifique interne et externe. Mise en forme des résultats pour publications scientifiques.
· Participation aux lab meeting de l’équipe
· Participation aux rencontres et aux échanges de la communauté des bioinformaticiens du centre et de la région.
Compétences
1. Maîtrise de la programmation en R, PYTHON.
2. Maîtrise des outils d’analyse de données de séquençage à haut-débit de préférence en transcriptomique (RNA-seq, single-cell RNA-seq).
3. Compréhension pratique des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles.
4. Maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.
5. Connaissance en administration système sous Unix/Linux, Shell.
Contexte de travail
Unité mixte de recherche du CNRS, de l’INSERM et d’Aix-Marseille Université, le CIML est composé d’environ 200 personnes et 15 équipes de recherche et situé sur le parc scientifique et technologique de Luminy à Marseille (France). La personne recrutée intégrera l'équipe de recherche "Immunologie intégrative des lymphocytes B" dirigée par Pierre Milpied au sein du CIML. Elle sera hébergée au sein des bureaux du groupe CB2M (Computational biology, Biostatistics and Modeling) dans lesquels se regroupe la majorité des bioinformaticiens du centre.
Contraintes et risques
Risque lié au travail sur écran (ergonomie...)
Informations complémentaires
ANR AAPG-PRC-2023 "GCselection"