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Portail > Offres > Offre UMR7280-HUGLEL-003 - ingénieur(e) d'étude H/F en bio-informatique

ingénieur(e) d'étude H/F en bio-informatique


Date Limite Candidature : mardi 25 mai 2021

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Informations générales

Référence : UMR7280-HUGLEL-003
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : mardi 4 mai 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2151.32 et 2668.12 euros bruts mensuels
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Dans le cadre d'un financement ANR, la personne recrutée procédera à l'analyse de données de transcriptomes en Single-cell RNA-seq en coordination avec la plateforme de bio-informatique du CIML . Elle remettra régulièrement des rapports d'analyse clairs et détaillés pour l'équipe de recherche.

Activités

-Assimilation des questions biologiques posées et des échantillons obtenus pour y répondre.
- Analyses de données Single-Cell RNA-seq en coordination avec l'équipe de biologistes et de bio-informaticiens.
-Participations aux réunions des bio-informaticiens et de l'équipe de recherche et rédaction de rapports d'analyse détaillés.

Compétences

· Maîtrise de la programmation en R. Une bonne connaissance de Python serait un plus.
· Bonne connaissance en analyse de données RNA-seq. Maîtrise des logiciels requis pour l'analyse de données génomiques (STAR, picard, samtools, DEseq/EdgeR...).
· Connaissance des méthodes d'analyses en single-cell RNA-seq. Une expérience réussie dans ce type d'analyse serait un plus.
· Bonnes connaissances en statistiques générales (statistiques descriptives, test d'hypothèse...).
· Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
· Bonne communication avec les bio-informaticiens et les chercheurs en biologie
· Intérêt pour les questions biologiques et pour l'acquisition de nouvelles méthodes bioinformatiques.

Contexte de travail

Le centre d'immunologie de Marseille-Luminy (CIML) est une unité mixte de recherche du CNRS, de l'INSERM et d'Aix-Marseille Université internationalement reconnue dans sa discipline. Le CIML est composé d'environ 200 personnes de toutes nationalités travaillant au sein de 16 équipes de recherche explorant les différents champs de l'immunité. Situé dans le parc scientifique et technologique de Luminy à Marseille (France), il possède des plateformes technologiques de dernier cri (cytométrie en flux, microscopie, génomique). La personne recrutée intégrera l'équipe de recherche "Immunologie et biologie des interactions hôte / pathogène" dirigée par Jean-Pierre GORVEL au sein du CIML, travaillera sous la responsabilité de Hugues LELOUARD et sera encadrée au sein de la plateforme de bio-informatique du CIML par un ingénieur de recherche. Au sein de cette plateforme, il/elle recevra une formation aux méthodologies d'analyse utilisées dans le centre et sera formé sur les outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data).

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