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Portail > Offres > Offre UMR7280-CHLFER-012 - Ingénieur-e biologiste en traitement de données (H/F)

Ingénieur-e biologiste en traitement de données (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 15 décembre 2021

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Informations générales

Référence : UMR7280-CHLFER-012
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : mercredi 24 novembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2172 et 2769 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Il/Elle aura pour mission d'analyser des données single-cell RNA-seq et spatial transcriptomics issues d'échantillons humains. Il/Elle devra prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter aux besoins du projet et produire des rapports de résultats.

Activités

• Implémentation de nouvelles méthodes d'analyse des données single-cell RNAseq et spatial transcriptomics
• Compte-rendu des analyses et présentation des résultats
• Participation aux réunions d'équipe (avec biologistes et bioinformaticiens)
• Veille de la littérature sur analyses single-cell RNAseq et spatial transcriptomics

Compétences

• Compréhension pratique des méthodes mathématiques d'analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, apprentissage statistique, etc.).
• Expérience de données single-cell et spatial transcriptomics.
• Maîtrise de la programmation en R, PYTHON et des logiciels requis pour l'analyse de données génomiques (STAR, picard, samtools, DEseq, EdgeR, Seurat, ScanPy).
• Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).
• Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
• Bonne communication avec les chercheurs en biologie.

Contexte de travail

Unité mixte de recherche du CNRS, de l'Inserm et d'Aix-Marseille Université, le CIML est composé d'environ 200 personnes et 18 équipes de recherche et situé sur le parc scientifique et technologique de Luminy à Marseille (France).
La personne recrutée intégrera l'équipe de recherche "Immunologie intégrative des lymphocytes B " dirigée par Pierre MILPIED au sein du CIML. Il/Elle travaillera au sein d'une équipe mixte de bioinformaticiens et de biologistes, dans l'environnement de la plateforme de bioinformatique du CIML, sous la responsabilité directe de Pierre MILPIED.

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