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Bioinformatics engineer - UCA GenomiX core facility H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7275-VALBRI-001
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : samedi 8 décembre 2018
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 14 janvier 2109
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2097.64€ et 2674.49€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+4
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur bioinformaticien contribuera au développement, à la mise en œuvre et au soutien de logiciels et de pipelines informatiques, afin de traduire les données brutes de génomique en observations biologiquement utilisables. Son rôle sera centré sur le support des pipelines à l'échelle de la production des données produites par la plate-forme. L'activité de l'ingénieur sera principalement centrée sur les études transcriptomiques, notamment sur cellule unique. Le travail se situe dans le cadre de la plate-forme UCA GenomiX, une composante de l'infrastructure nationale France Génomique.


The bioinformatician engineer will contribute to the development, implementation and support of software and computational pipelines, with the mission to translate raw genomics data into meaningful observations to biologists. His/her role will be focused on supporting robust and production scale pipelines that are run by the platform. The activity of the engineer will be centered mainly on bulk and single cell transcriptomic studies, in the context of UCA GenomiX platform, a component of the national infrastructure France Génomique.

Activités

Principales responsabilités
- Élaborer, mettre en œuvre et entretenir des pipelines bioinformatique de séquençage.
- Fournir un soutien bioinformatique, aider les collaborateurs dans l'analyse des données et contrôler la validité des résultats expérimentaux.
- Améliorer en continu les standards de la plate-forme par la mise en oeuvre d'outils de pointe, en les mettant en production, en accompagnant le déploiement de nouvelles approches s'appuyant sur le séquençage.
- S'assurer que la plate-forme adopte les meilleures pratiques du domaine

Key responsibilities
- Develop, implement and maintain automated high-throughput sequencing bioinformatics pipelines.
- Provide bioinformatics support, assist collaborators in data analysis and check the validity of experimental results.
- Improve continuously the standards of the platform by implementing cutting edge tools, running them into production, and supporting the development of new NGS based services.
- Ensure the platform is adopting global best practices

Compétences

- Master ou diplôme supérieur en bioinformatique, en informatique ou dans des domaines connexes
- Expérience de l'analyse des données de séquençage à haut débit
- Expérience avec l'environnement en ligne de commande Linux
- Expérience dans l'analyse de données à l'aide de R/Bioconducteur
- Excellentes capacités de résolution de problèmes et grande attention aux détails
- Capacité à travailler de façon autonome
- Excellentes aptitudes à communiquer verbalement et par écrit en anglais et/ou en français

L'ingénieur logiciel en bioinformatique embauché aura une solide expérience en informatique, en analyse de données de séquençage ADN et une passion pour la génomique.

You will have the following key skills and attributes:
- MSc or higher degree in Bioinformatics, Computer Science or related fields
- Experience with analysis of next-generation sequencing data
- Experience with Linux command line environment
- Experience in data analysis using R/Bioconductor
- Excellent problem solving abilities and strong attention to details
- Ability to work independently
- Excellent verbal and written communication skills in English and/or in French

The hired bioinformatics software engineer will have a strong background in computer science, next-generation sequencing data analysis and a passion for learning about genomics.

Contexte de travail

Située à l'IPMC, sur le site du parc scientifique de Sophia Atnipolis, UCAGenomiX (http://www.genomique.info) est la plateforme de génomique fonctionnelle de l'Université Côte d'Azur. La plate-forme est l'un des nœuds centraux de "France Génomique", l'infrastructure française de génomique (https://www.france-genomique.org). UCAGenomiX pilote activement le développement d'approches de séquençage sur cellule unique au sein de l'infrastructure. UCAGenomiX travaille en étroite collaboration avec l'équipe de P. Barbry, qui réalise un des 38 projets pilotes de l'Atlas des cellules humaines financé par la Fondation Chan Zuckerberg (https://chanzuckerberg.com/human-cell-atlas).

Located at IPMC, in Sophia Antipolis, UCAGenomiX (http://www.genomique.info) is the functional genomics platform of Université Côte d'Azur. The platform is one of the core nodes of “France Génomique”, the French infrastructure for next generation sequencing (https://www.france-genomique.org). UCAGenomiX drives actively the development in single cell sequencing approaches within the infrastructure. UCAGenomiX works in close relationship with P. Barbry's team, who performs one of the 38 pilot projects of the Human Cell Atlas funded by the Chan Zuckerberg Foundation (https://chanzuckerberg.com/human-cell-atlas).

Informations complémentaires

L'IPMC (Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire) est un centre d'excellence en biologie financé par le CNRS et l'Université de Nice. Ses 230 agents travaillent à l'identification des mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans plusieurs maladies graves (https://www.ipmc.cnrs.fr). L'IPMC recrute les meilleurs professionnels pour opérer ses installations en génomique, bioinformatique, cytométrie en flux et imagerie cellulaire. Fortes d'une forte expertise, les équipes d'appui sont au cœur des recherches de pointe menées à l'IPMC, et sont portées par la culture dynamique et l'esprit d'innovation propre à Sophia-Antipolis.
Votre lettre de candidature doit comprendre :
- Une lettre d'accompagnement
- Votre curriculum vitae incluant les coordonnées d'au moins 2 référents externes qui seront contactés de façon indépendante.
- La copie des titres de compétence et des relevés de notes pertinents

IPMC (Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire) is a center of excellence in biology funded by CNRS and the University of Nice. Its 230 scientists, students and support staff work on the identification of key molecular and cellular mechanisms that contribute to multiple human diseases (https://www.ipmc.cnrs.fr). IPMC recruits the best professionals for its core facilities in genomics, bioinformatics, flow cytometry, and cellular imaging. With a strong expertise, the support teams of these different facilities are instrumental for the cutting edges researches performed at IPMC, driven by the dynamic culture and innovation spirit of Sophia-Antipolis.

Your application should include:
- A cover letter
- Your resume including at least 2 referees that will be contacted independently
- Copies of relevant qualifications / academic transcripts

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