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Portail > Offres > Offre UMR7275-PASBAR-012 - Ingénieur en génomique (H/F) / Spécialiste séquençage NGS / Analyse génomique sur cellule unique / Transcriptomique spatiale

Ingénieur en génomique (H/F) / Spécialiste séquençage NGS / Analyse génomique sur cellule unique / Transcriptomique spatiale


Date Limite Candidature : mardi 7 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR7275-PASBAR-012
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : mardi 17 janvier 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2236 et 2841 bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Concevoir, développer et conduire en spécialiste l'ensemble des approches méthodologiques conduites par la plate-forme UCAGenomix notamment dans le cadre des analyses de transcriptomique spatiale qu'elle initie au sein d'une action concertée incitative de la cancéropole Provence Alpes Côte d'Azur et de l'infrastructure nationale France Génomique.
L'ingénieur(e) participera à la mise en œuvre opérationnelle des équipements de la plateforme (séquenceurs à haut débit Illumina et Nanopore), robots Tecan et Opentrons, Chromium 10X Genomics dans le cadre des analyses effectuées par la plateforme (DNAseq, scRNAseq, scATACseq, scMultiome, miRNA, SAGE, RNAseq, ChIPseq). Il/elle participera à la mise au point des expériences de MERFISH sur appareil MERSCOPE, récemment installé sur la plateforme. Elle contribuera au maintien de toutes les expertises utiles au sein de la plateforme. Il/elle participera au processus "génomique" dans le cadre de la certification ISO9001/NFX50-900 de la plate-forme.
Il/elle s'impliquera activement au sein des réseaux professionnels et technologiques de France Génomique et de la Cancéropôle.

Activités

La personne recrutée produira des jeux de données dans le contexte des projets de la plateforme. Directement impliqué(e) dans la réalisation des expériences, ses contributions porteront sur la mise en place de méthodes d'analyse au niveau de l'état de l'art, qu'il/elle articulera avec les analyses menées par l'équipe bio-informatique de la plate-forme. Elle participera à toutes les actions de formation, de conseil et d'organisation de la plateforme UCAGenomix.

Compétences

Connaissance approfondie en séquençage et en génomique (protocoles expérimentaux, machines de séquençage, robots, systèmes microfluidiques, PCR).
Démonstration d'une expertise avérée en biologie moléculaire, génomique et séquençage.
Connaissance de la démarche qualité (norme ISO9001 et si possible NFX50-900).
Sensibilisation aux réglementations en place au CNRS en matière d'hygiène et de sécurité, réglementation financière, déontologie
Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
La personne recrutée devra démontrer sa capacité à réaliser des projets de génomique, à en assurer l'expertise technologique, à utiliser les logiciels spécifiques (une connaissance en bioinformatique et programmation serait un plus).
Il/elle disposera d'une connaissance suffisante des outils pédagogiques permettant les formations et la présentation de ses résultats.

Contexte de travail

L'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) est une unité mixte de recherche (UMR7275) constituée entre le CNRS et UCA. Ses 20 équipes de recherche de classe internationale et ses services et plateformes technologiques communes de pointe, représentant un effectif total d'environ 220 personnes, se répartissent sur 2 bâtiments (8 000 m²). L'ingénieur(e) se positionnera sur la plate-forme UCAGenomiX de l'unité, sous la responsabilité directe de Pascal Barbry. UCAGenomiX est une plateforme labélisée IBISA, certifiée ISO9001 et NFX50-900, et partenaire de l'infrastructure nationale France Génomique. Le travail de la personne recrutée se situera au sein d'une équipe de chercheurs et d'ingénieurs.

Contraintes et risques

L'ingénieur(e) aura la responsabilité de la mise en œuvre expérimentale et de la réalisation de projets de génomique sur la plate-forme UCA GénomiX.
Il/elle aura des interactions avec les autres membres de la plate-forme, les services communs et plateformes de l'unité, et des interlocuteurs extérieurs.
Il/elle pourra être amené(e) à assumer des responsabilités d'intérêt collectif.
Des formations pourront être proposées pour faciliter son intégration.

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