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Ingénieur(e) Bioinformaticien - Analyse de données (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR7271-VIVROS-005
Lieu de travail : SOPHIA ANTIPOLIS
Date de publication : mercredi 2 janvier 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 15 février 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2100 et 2200 Euros brut mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

analyser des données générées par les expérimentations à haut débit.

Activités

La personne sélectionnée combinera des outils open source pour mettre au point des pipeline d'analyse. Elle devra être à même de développer de nouveaux outils permettant l'analyse ou la visualisation des données. Elle sera également en charge de l'écriture des rapports concernant les analyses réalisées.

Compétences

Bonne connaissance des méthodes et outils d'analyse de données biologiques. Bonne connaissance en développement logiciel avec le langage Python. La connaissance d'autres langages de programmation (Java, C/C++) et la maîtrise de langages de scripts (Bash, Awk, Sed) serait un plus. Connaissance et expérience pratique de travail dans un environnement Linux. Maîtrise de l'anglais. Autonomie, organisation, rigueur et méthode. Sens du travail en équipe, capacité à interagir aussi bien avec des biologistes que des informaticiens. Capacités didactiques pour transmettre les connaissances et exposer les résultats à des experts de différentes spécialités. Beaucoup de motivation et d'intérêt pour l'Informatique, la Biologie et l'analyse des données. Une expérience antérieure dans un environnement interdisciplinaire et de collaboration sera considérée comme un atout.

Contexte de travail

Le développement tumoral résulte de l'accumulation d'altérations génomiques et de changements dynamiques de l'état cellulaire, tels que la différenciation de cellules souches cancéreuses (CSC). Ces phénomènes de reprogrammation impliquent des modifications coordonnées au niveau épigénétique et post-transcriptomique. Notre objectif est de caractériser précisément les réseaux moléculaires qui sont à l'oeuvre ainsi que leurs interconnections afin de modéliser la dynamique temporelle et spatiale des modifications du transcriptome des CSG. Dans ce but, nous intègrerons des données correspondant à différents niveaux de régulation post-transcriptionelle (épissage alternatif, expression et miARN) afin de modéliser l'hétérogénéité de comportement des CSG. Le projet est soutenu par l'Institut National du Cancer et implique plusieurs équipes de biologistes et d'informaticiens. L'ingénieur(e) sera sous la responsabilité scientifique de Monsieur Claude PASQUIER de l'Equipe SPARKS.

Contraintes et risques

Quelques missions à Lyon et Tours seront à prévoir.

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