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Portail > Offres > Offre UMR7225-NINBUR-001 - Ingénieur Développeur (H/F)

Ingénieur Développeur (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 25 mai 2022

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Informations générales

Référence : UMR7225-NINBUR-001
Lieu de travail : PARIS 13
Date de publication : mercredi 4 mai 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2536 et 2720 euros Brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Vous serez en charge de :
- l'intégration d'outils standards de la communauté deep learning (par exemple MLflow, Pytorch Lightning, TorchIO),
- du développement de nouvelles fonctionnalités (augmentation des données, refactoring des outils TSV, création de fichiers de configuration),
- la maintenance du logiciel,
- support aux utilisateurs et animation de la communauté,
- contribution à la formation et à la diffusion avec les autres ingénieurs de l'équipe.
Vous présenterez également le logiciel lors de conférences scientifiques internationales et d'autres événements (organisés par exemple par Inria).

Activités

ClinicaDL est une suite logicielle pour le traitement reproductible des données de neuroimagerie avec des méthodes de deep learning. Cette suite vise à permettre un traitement de la neuroimagerie de bout en bout, de la gestion des méta-données (extraction de labels, fractionnement entre ensemble d'entraînement et ensemble de test) et des images prétraitées (contrôle qualité) à l'interprétation des modèles (carte de gradients) en passant par l'entraînement de réseaux de neurones, la recherche d'architectures de réseaux et l'évaluation sur de nouvelles données.

ClinicaDL permet de faciliter les expériences menées dans un contexte de recherche mais n'est pas assez évolutif et manque d'outils pour le déploiement de modèles. L'aspect principal du projet est l'intégration d'outils d'apprentissage profond largement adoptés par la communauté, tels que MLflow et Pytorch Lightning, pour améliorer la gestion des modèles et le suivi des expériences. Pour cela, le ou la candidate devra adapter et intégrer ces outils à ClinicaDL pour le rendre plus accessible et flexible en convergeant vers les standards de la communauté.
Pour en savoir plus : https://www.aramislab.fr/wp-content/uploads/2022/02/clinicaDL_job_offer_v1.pdf

Compétences

- Doctorat ou Master
- Solides compétences en programmation en Python
- Bonne compréhension du processus et des outils de développement logiciel (Git, intégration continue, tests).
- Une connaissance de base du deep learning est obligatoire et une expérience des outils associés (par exemple PyTorch) serait un atout majeur.
- Des connaissances en traitement d'images est obligatoire et une expérience en imagerie médicale serait un fort plus.
- Excellentes compétences relationnelles et de communication pour interagir avec les utilisateurs et les membres du laboratoire.
- Bonnes capacités rédactionnelles (documentation, site web, articles scientifiques)

Contexte de travail

Vous travaillerez au sein de l'équipe ARAMIS (www.aramislab.fr) de l'Institut du Cerveau (http://www.icm-institute.org), l'un des meilleurs instituts de recherche en neurosciences au monde. L'institut est idéalement situé au cœur de l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière, au cœur de Paris.
L'équipe ARAMIS, qui fait également partie d'Inria (l'Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique), se consacre au développement de nouvelles approches pour l'analyse de grands jeux de données cliniques et de neuroimagerie.
Vous interagirez localement avec les doctorants, les post-doctorants et les ingénieurs de l'équipe.

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