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Ingenieur d'etude Bio informaticien H/F développeur de base de donnée


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Informations générales

Référence : UMR7009-FREBON-007
Lieu de travail : VILLEFRANCHE SUR MER
Date de publication : mercredi 19 décembre 2018
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire mensuel brut 2100.00€
Niveau d'études souhaité : Bac+4
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le candidat retenu poursuivra le développement de MARIMBA en intégrant de nouvelles séquences (génome et transcriptome), ontologies et données d'imagerie d'espèces marines, et en développant des fonctionnalités rendant les données accessibles à la communauté de recherche plus large.

Activités

- Maintenir / mettre à jour la base de données MARIMBA et développer de nouveaux modules (Drupal).
- Interagir avec les groupes de recherche contributeurs pour définir et affiner les besoins futurs.
- Intégrer de nouvelles données (génomique, transcriptomique, annotations) dans la base de données.
- Développer des protocoles pour intégrer des données fonctionnelles.
- Assurer la liaison avec les partenaires de l'EBI et de l'IDR concernant les données génomiques, les données d'imagerie et les ontologies.

Compétences

• Compétence en développement Web avec PHP5 et HTML / CSS.
• Intérêt manifeste pour la biologie moléculaire, développementale et / ou évolutive.
• Diplôme de maîtrise ou supérieur dans une discipline pertinente.
• Familiarité avec les méthodes d'analyse des données de séquence génomique et transcriptomique.
• Compétence avec les environnements informatiques Unix.
• Maîtrise de la programmation informatique, idéalement en Perl et / ou en Python.
• La connaissance du système de gestion de contenu Drupal serait un atout.
• Bon anglais parlé et écrit essentiel.
• collaboratif et autonome.

Contexte de travail

Le projet européen CORBEL1 (H2020-INFRADEV-4 / Sept 2015-Mai 2020) s'appuie sur les efforts existants pour développer les outils, les services et la gestion de données des infrastructures de recherche biologique et médicale (IR) requis par les projets de recherche européens de pointe.

Dans le cadre du programme de travail 4 de CORBEL, le laboratoire de biologie du développement de Villefranche-sur-mer (LBDV), partenaire EMBRC1, coordonne le cas d'utilisation 4 «Modèles de développement des métazoaires marins pour la recherche biomédicale - des bases de données intégrées prédictives aux tests fonctionnels». Ce cas d'utilisation développe des pipelines pour établir une base de données harmonisée intégrant les données génomiques, transcriptomiques et morphologiques de 3 espèces modèles de métazoaires marins, la méduse Clytia hemisphaerica, le céphalochordate Branchiostoma lanceolatum et l'oursin Paracentrotus lividus. Ceci est réalisé par des chercheurs répartis dans 3 infrastructures de recherche européennes, dont EMBRC.
Base de données sur les modèles d'invertébrés marins, http://marimba.obs-vlfr.fr

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