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Portail > Offres > Offre UMR6074-DOMLAV-007 - Post Doctorant-e Bioinformatique (H/F)

Post Doctorant-e Bioinformatique (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 27 août 2022

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Informations générales

Référence : UMR6074-DOMLAV-007
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : samedi 6 août 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 3 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2663 et 3783 bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La proposition de post doc s'inscrit dans le cadre d'un projet de recherche européen, le projet BioPIM, programme EIC PATHFINDER, qui a démarré en mai 2022. Ce projet a, entre autre, pour objectif de paralléliser et d'évaluer des algorithmes du domaine de la génomique sur une architecture de type « Processing-in-Memory » (PIM). L'architecture matérielle s'appuie sur une nouvelle mémoire DRAM développée par la société UPMEM (partenaire du projet) permettant de créer des barrettes mémoire de 8 Go qui intègrent en leur sein 128 micro-processeurs. Dans ce cadre, le/la candidat-e devra développer un projet de recherche en adéquation avec les objectifs du projet BioPIM comme, par exemple, revisiter et adapter les principales structures de données utilisées en génomiques au paradigme PIM.

Activités

• Recherche sur des structures de données avancées en génomique ciblant le paradigme PIM
• Design de nouveaux algorithmes parallèles en génomique pour PIM
• Évaluation des performances (accélération, consommation électrique)
• Participation active au projet européen BioPIM

Compétences

Connaissances
• Bioinformatique, Structures de données génomique, Parallélisme
• Langage de programmation : C, C++, Python
• Anglais technique

Aptitudes
• Travailler en équipe
• Conduire un projet
• Communiquer et valoriser les travaux

Niveau de formation et diplome requis
• Doctorat

Domaine de formation
• Informatique, Bioinformatique, Génomique

Contexte de travail

L'IRISA (Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires) est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (+ de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des nouvelles technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, le laboratoire constitue un pôle de recherche d'excellence avec des priorités scientifiques telles que : la bio-informatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des masses de données et l'intelligence artificielle.
Le/la candidat-e sera rattaché-e à l'équipe GenScale, IRISA, Beaulieu, Rennes.
GenScale est une équipe de recherche en bioinformatique. Son objectif principal est de développer des méthodes, des outils et des logiciels évolutifs pour le traitement des données génomiques. Les recherches sont motivées par le développement rapide des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) et de troisième génération (TGS) qui posent des problèmes très difficiles tant en termes de bioinformatique que d'informatique.
Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
Présentation de l'IRISA en tant que laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074

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