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Portail > Offres > Offre UMR5672-BENAUD-005 - Chercheuse/chercheur en génomique comparative de la réplication de l'ADN (H/F)

Chercheuse/chercheur en génomique comparative de la réplication de l'ADN (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 29 juin 2022

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Informations générales

Référence : UMR5672-BENAUD-005
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mercredi 8 juin 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2690 et 4255 euros brut mensuels selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Nous recherchons une jeune chercheuse ou un jeune chercheur motivé(e) par l'intégration de données génomiques avec pour objectif d'obtenir une description quantitative de la régulation de la réplication de l'ADN chez l'homme.

La chercheuse ou le chercheur recruté(e) rejoindra l'équipe Sisyphe du Laboratoire de Physique de l'ENS de Lyon (LPENSL, CNRS UMR5672, responsable du projet : B. Audit).

Activités

L'identification des origines de réplication de l'ADN chez l'humain (et d'autres métazoaires) a déclenché des controverses, suite à la variabilité des résultats obtenus par différentes techniques ou différents équipes de recherche (Hyrien 2015). La chercheuse ou le chercheur recruté(e) développera une intégration de cartographies originales de la réplication de l'ADN obtenues par séquençage à haut-débit (OK-seq; Petryk 2016; Wu 2018) et de molécules uniques (FORK-seq; Hennion 2020) avec d'autres cartographies publiques afin d'établir description définitive de la régulation de l'initiation de la réplication. L'addition de profiles chromatiniens permettra de disséquer les déterminants de l'initiation de la réplication agissant en cis ou en trans dans les cellules humaines. Ce travail s'appuiera de l'expérience de l'équipe dans l'analyse de cartes de réplication (Audit 2013; Kirstein 2021) et la modélisation mathématique de la cinétique de réplication du génome (Arbona 2018; Goldar 2016), en relation avec les marques épigénétiques et la structure de la chromatine.

Arbona JM et al (2018) eLife, 7, e35192. doi: 10.7554/eLife.35192
Audit B et al (2013) Nature Protocols 8, 98-110. doi: 10.1038/nprot.2012.145
Goldar A et al (2016) Scientific Reports 6, 22469. doi: 10.1038/srep22469
Hennion M et al (2020). Genome Biology 21, 125. doi: 10.1186/s13059-020-02013-3
Hyrien, O (2015) Journal of Cell Biology, 208, 147-160. doi: 10.1083/jcb.201407004
Kirstein N et al (2021) Elife 10, e62161. doi: 10.7554/eLife.62161
Petryk, N et al (2016) Nature communications, 7, 10208. doi: 10.1038/ncomms10208
Wu X et al (2018) Nucleic Acids Research 46, 10157-10172. doi: 10.1093/nar/gky797

Compétences

La candidate ou le candidat devra :
- être titulaire d'une thèse ou d'une expérience équivalente en bioinformatique ou biologie computationnelle.
- avoir une expérience de l'analyse de données issues des méthodes de séquençage à haut-débit.
- avoir la volonté de travailler dans un contexte interdisciplinaire.

Les compétences complémentaires suivantes seront particulièrement appréciées:
- connaissance des mécanismes de la réplication de l'ADN.
- expérience avec les données de séquençage nanopore.
- intérêt pour l'application de l'intelligence artificielle aux données génomiques.

Contexte de travail

La chercheuse ou le chercheur s'intégrera à la collaboration établie de longue date entre l'équipe computationnelle au LPENSL et l'équipe expérimetale d'Olivier Hyrien (Réplication des Chromosomes Eucaryotes de l'Institut de Biologie de l'ENS, Paris, financé par l'Agence National de la Recherche (projets ANR NanoPoRep et Hudror).

Elle/il bénéficiera de l'environnement de travail riche et stimulant du site Monod de l'ENS de Lyon, dont un accès au savoir faire et aux moyens de calcul du Pôle Scientifique de Modélisation Numérique de l'ENS de Lyon (PSMN).

Contraintes et risques

Le travail de recherche demandera des visites de travail de 1-2 jours à l'IBENS, Paris

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