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Portail > Offres > Offre UMR5558-NATARB-035 - Chercheur·se (H/F) en bioinformatique pour la génomique des plantes

Chercheur·se (H/F) en bioinformatique pour la génomique des plantes

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 6 octobre 2022

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Informations générales

Référence : UMR5558-NATARB-035
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : jeudi 15 septembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2833 et 4003 € brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le·la chercheur·se recruté·e participera à l'assemblage, l'annotation et l'analyse du génome de Silene latifolia. Il·Elle participera aux autres projets de l'équipe impliquant de la bioinformatique ainsi qu'à l'encadrement technique de jeunes chercheurs·euses sur les aspects bioinformatique.

Activités

Le·la chercheur·se aidera à terminer l'assemblage et l'annotation du génome de S. latifolia en lien avec C. Moraga et sous la supervision de A. di Genova et G. Marais. Il s'agira également de mener à bien plusieurs analyses utilisant le génome de S. latifolia et des données complémentaires sous la supervision de G. Marais

Compétences

- Intérêts pour la génomique fonctionnelle des plantes, l'épigénomique des plantes, l'association phénotype-génotype chez les plantes
- Expertise en bioinformatique (e.g. assemblage de génomes complexes, annotation des gènes et des éléments transposables, mapping), utilisation avancée de méthodes bioinformatiques, utilisation avancée d'un cluster de calcul, haut niveau en programmation

Contexte de travail

Ce postdoc s'inscrit dans le cadre d'un projet ANR « PlantGenomYX » qui a démarré en 2021 dont le but est d'identifier les gènes du déterminisme du sexe de Silene latifolia en séquençant le génome et en utilisant une approche de génomique évolutive et fonctionnelle.
Le projet correspond à une collaboration entre le LBBE à Lyon et le CIBIO (Biopolis / Univ. Porto, Portugal) et inclut des missions longues au CIBIO dans l'équipe « PlantEvol » : https://cibio.up.pt/en/groups/plant-evolution-plantevol/
Les partenaires du projet sont Abdel Bendahmane de l'IPS2 (Univ. Paris-Saclay), Roman Hobza (IBP, Brno, République Tchèque), Le Génoscope, Carol Moraga et Alex di Genova (Univ. Rancagua, Chili) et un consortium international impliquant 15 groupes qui va analyser le génome de Silene latifolia.

Informations complémentaires

Contact: Gabriel Marais (gmarais@cibio.up.pt), Raquel Tavares (raquel.tavares@cibio.up.pt), Nathalie Arbasetti (nathalie.arbasetti@univ-lyon1.fr)

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