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Ingénieur.e de recherche (H/F) développement logiciel et analyse de données simulées, 24 mois, projet "Evoluthon"

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 17 mai 2022

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Informations générales

Référence : UMR5558-NATARB-028
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mardi 26 avril 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2487 et 2861 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Nous recrutons un.e ingénieur.e dans le cadre du projet Evoluthon, financé par l'ANR. Le projet consiste à tester et améliorer des outils pour l'évolution moléculaire, à l'aide de simulations informatiques issues de la vie artificielle. L'originalité de cette évaluation est que les simulations et les inférences sont réalisées par deux équipes indépendante, mettant les outils d'inférence devant un monde inconnu, reflétant le mieux la situation face aux données biologiques. Il sera possible de tester plusieurs outils, voire d'organiser une compétition entre outils accomplissant la même tâche, ou de se centrer sur seaview et les outils développés au laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), le laboratoire d'accueil.
Pour en savoir plus sur le projet : https://project.inria.fr/evoluthon/fr/
Une thèse est en cours sur la vie artificielle, pour générer des données simulées indépendantes des méthodes d'inférence.

Activités

Il y aura une activité de développement, une activité d'analyse de données, et une activité d'organisation de la communauté.
- Développement : renforcement de l'intégration des outils développés au LBBE (ALE, Treerecs, Thirdkind...) à la plateforme seaview.
- Analyse : utilisation des outils sur des données simulées par l'équipe Beagle de l'Inria
- Organisation : concours pour tester les logiciels d'autres équipes sur des données simulées avec des principes de vie artificielle
Ces trois types d'activité prendront plus ou moins d'importance selon les compétences et les motivations du/de la candidat.e retenu.e.

Compétences

- Notions de biologie évolutive, évolution des séquences
- Développement logiciel, C, C++, python, modèles de Markov
- Analyse python, R, statistiques descriptives, analyses de séquences (alignement, phylogénie, génomique, génétique des populations)
- Capacités de communication et d'organisation
Il n'est pas nécessaire d'être opérationnel.le sur tous ces langages, mais une habitude de la programmation est attendue.

Contexte de travail

La personne recrutée sera accueillie au LBBE. Il s'agit d'une unité mixte de recherche sous tutelles principales du CNRS, de l'Université Lyon 1 et VetAgroSup et sous tutelles secondaires des Hospices Civils de Lyon (HCL) et INRIA. Le LBBE est un laboratoire de biologie évolutive largement pluridisciplinaires : s'y côtoient 200 personnes environ, en écologie, médecine, génétique ou génomique, mathématiciens, informaticiens, physiciens...
Le LBBE est situé à Villeurbanne, sur le campus de la Doua, à proximité du centre ville de Lyon.
L'équipe d'accueil est Le Cocon, et le projet est une collaboration avec l'équipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive (BPGE), le pôle informatique, et l'Inria.

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