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Portail > Offres > Offre UMR5558-LAUJAC-005 - Chercheuse postdoctorante ou chercheur postdoctorant en apprentissage pour l'évolution moléculaire (H/F)

Chercheuse postdoctorante ou chercheur postdoctorant en apprentissage pour l'évolution moléculaire (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 15 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR5558-LAUJAC-005
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mercredi 25 janvier 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 6 mars 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2 833.40 € et 4 003.62 € bruts mensuels en fonction de l'expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Amélioration d'un réseau de neurones prédisant l'histoire évolutive
d'une famille de séquences homologues. La mission s'inscrit dans un
projet plus vaste financé par l'ANR JCJC PIECES
(https://anr.fr/Projet-ANR-20-CE45-0017). Le réseau de neurones
actuel, développé dans le cadre de ce même projet, exploite des
données simulées selon un modèle probabiliste d'évolution de séquences
pour apprendre une fonction prédisant un ensemble de distances
évolutives entre paires de séquences homologues à partir d'un
alignement multiple de ces séquences. Plusieurs pistes sont envisagées
pour améliorer le réseau, et pourront être discutées avec les autres
membres du projet.

Activités

- Ecriture d'un cahier des charges pour un logiciel de reconstruction
phylogénétique exploitant une méthode d'apprentissage automatique, à
destination de personnes non-expertes.

- Développement du logiciel.

- Conception et mise en oeuvre de benchmarks pour comparer la méthode
à l'état de l'art.

- Innovations méthodologiques en apprentissage automatique pour
l'évolution moléculaire.

Compétences

- Apprentissage automatique pour la génomique (expert).

- Compétence niveau M2 en algèbre, statistique, science des données.

- Notions d'évolution moléculaire

- Programmation en python

Contexte de travail

Le laboratoire « Biométrie et Biologie Evolutive » (LBBE) UMR 5558 du
CNRS, de l'université Claude Bernard Lyon I et de VetAgroSup compte
environ 200 personnes et s'organise autour de deux thèmes fédérateurs
la « Biométrie » et la « Biologie évolutive ». Cette spécificité a
présidé à la création du laboratoire et lui confère son
originalité. De plus le LBBE présentant à la fois une composante
science et santé est réparti sur plusieurs sites à Lyon.

Les thématiques de recherche du LBBE s'organisent autour

- d'un point de vue méthodologique, qui affirme l'importance de la
modélisation tant mathématique qu'informatique

- et d'une perspective évolutive qui organise les recherches
indépendamment du niveau d'organisation biologique.

C'est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et
des développements méthodologiques que naît la plus grande part des
résultats scientifiques du laboratoire.

Le projet se déroulera au sein des équipes Baobab et Le Cocon,
spécialisées respectivement dans l'algorithmique pour la
bioinformatique et à l'évolution moléculaire. Il sera co-encadré par
Laurent Jacob, chercheur en statistique et apprentissage automatique
pour la biologie, et Bastien Boussau, chercheur en évolution
moléculaire.

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