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Portail > Offres > Offre UMR5558-GUYPER-001 - Chercheur en génomique des éléments impliqués dans la résistance des entérobactéries aux antibiotiques (H/F)

Chercheur en génomique des éléments impliqués dans la résistance des entérobactéries aux antibiotiques (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 6 juin 2022

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Informations générales

Référence : UMR5558-GUYPER-001
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : vendredi 15 avril 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2690 et 33821 € brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Ce recrutement se situe dans le cadre du projet ResisTrack, financé par l'ANR. Ce projet vise à établir une meilleure connaissance des processus écologiques et évolutifs conduisant à l'acquisition de résistances aux antibiotiques par les entérobactéries en milieu hospitalier.
La personne recrutée aura pour objectif d'annoter une collection de génomes d'entérobactéries produite par le Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI). Une attention particulière devra être accordée à l'annotation des gènes et des éléments mobiles impliqués dans l'acquisition de résistances aux antibiotiques.

Activités

Tâches principales :
- Annotation des génomes produits par le CIRI au moyen de pipelines automatisés.
- Construction d'une base de données de transposases et d'intégrases sous le modèle de ce qui a été faitlocalement pour les protéines ribosomales.
- Curation de la base de données et mise en place d'un système de mises à jour automatisé.
Tâches secondaires :
- Intégration de données relatives aux phages et aux plasmides éventuellement présents dans les génomes séquencés.

Compétences

- Compétences approfondies en génomique bactérienne.
- Connaissances en écologie évolutive microbienne.
- Bonne connaissance des outils d'annotation de génomes.
- Environnement de travail Linux/Unix et utilisation de grappes de calcul.
- Ecriture d'articles scientifiques et présentation d'exposés dans des conférences internationales.

Contexte de travail

Le projet se déroulera au sein du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UMR CNRS 5558). Ce laboratoire intègre des équipes travaillant dans des domaines tels que la génétique des populations, l'écologie évolutive, l'évolution moléculaire, l'écotoxicologie, la médecine et la bioinformatique. Du fait de ces thématiques très diverses cette unité héberge donc des personnels ayant des profils très variés.

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