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(H/F) Ingénieur de Recherche en microbiologie et écologie moléculaire


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Informations générales

Référence : UMR5557-BEABIG-005
Lieu de travail : MARCY L ETOILE
Date de publication : jeudi 31 octobre 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 6 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 612
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Principales missions
Le post-doctorant aura les missions suivantes :
 Concevoir et conduire en spécialiste les analyses bio-informatiques - données NGS d'amplicons PCR ciblant le gène du 16S rRNA et un marqueur des -protéobactéries (analyses R (Vegan) des tendances, tests statistiques des corrélations / relations entre jeux de données, etc)
 Contribuer à la gestion des méta-données et données NGS, et leur accès via des plateformes de partage
 Participer à la conception des expérimentations en laboratoire et au recueil des données devant permettre d'identifier des activités bactériennes (RNAseq, qPCR) liées à une colonisation des hydrosystèmes par certaines espèces ou génotypes pathogènes
 Conduire en spécialiste les analyses d'expression globale de transcrits (RNAseq) en dispositif contrôlé
 Interpréter les résultats/observations, et rédiger des rapports et publications
 Effectuer des présentations lors de conférences internationales et des réunions de projet
 Former / encadrer des stagiaires / étudiants aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l'expérimentation en écologie moléculaire
 Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du projet

Activités

Doctorat en écologie moléculaire ou écologie microbienne. Le candidat devra posséder de très bonnes capacités de synthèse et rédactionnelles. Il devra témoigner d'un intérêt pour le travail interdisciplinaire. Le candidat devra être spécialiste de la manipulation et de l'analyse de grands jeux de données de séquences d'ADN dont la rédaction de script « R » ou similaire. Expertises en bactériologie, et en bio-informatique / bio-statistique souhaitables.

Compétences

Doctorat en écologie moléculaire ou écologie microbienne. Le candidat devra posséder de très bonnes capacités de synthèse et rédactionnelles. Il devra témoigner d'un intérêt pour le travail interdisciplinaire. Le candidat devra être spécialiste de la manipulation et de l'analyse de grands jeux de données de séquences d'ADN dont la rédaction de script « R » ou similaire. Expertises en bactériologie, et en bio-informatique / bio-statistique souhaitables.

Contexte de travail

Ce contrat post-doc s'effectuera dans un contexte interdisciplinaire impliquant des collaborations entre équipes des domaines de l'écologie microbienne, de l'hydrologie urbaine et des bassins-versants péri-urbains, et de la chimie environnementale. Il s'inscrit dans le grand champ thématique de la « santé globale » mais se focalisera sur l'incidence des pratiques de gestion des eaux pluviales, dont l'usage de bassins d'infiltration (BI) et de déversoir d'orage, sur la dissémination et sélection de certains génotypes de bactéries pathogènes (classées dans le groupe des -protéobactéries). Les travaux du post-doctorant s'appuieront sur des jeux de données NGS (next generation sequencing - disponibles) permettant d'inférer les biais de répartition de ces génotypes en fonction de certains paramètres de terrain dont l'hydrologie, la morphologie des bassins-versants, et la présence de contaminants chimiques. Les travaux seront complétés par des études en microcosme pour préciser les conditions d'expression (RNAseq ou qPCR) et fonctions des éléments génétiques explicatifs de la persistance environnementale de certaines espèces bactériennes.
Terrains d'étude et équipe d'accueil
Le projet s'appuiera sur les sites de l'Observatoire de Terrain en Hydrologie Urbaine (www.othu.org/) de la ZABR (zone atelier bassin du Rhône). Le post-doctorant intégrera l'équipe « BPOE – bactéries pathogènes opportunistes et environnement » composée de 7 chercheurs et 2,5 ETP d'agents techniques. Il pourra bénéficier de conditions de travail très favorables tant pour les analyses bio-informatiques (soutien d'une plateforme – ibio et collaborations) que pour les études en laboratoire (P2, salle blanche, plateforme éco-aquatron de la FR BioEnviS – U. Lyon 1).

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