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Portail > Offres > Offre UMR5553-STEREY1-001 - Post-doctorat (H/F) - 3 ans- "Caractérisation par ADNe de la biodiversité des microalgues alpines"

Post-doctorat (H/F) - 3 ans- "Caractérisation par ADNe de la biodiversité des microalgues alpines"

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 24 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR5553-STEREY1-001
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : mercredi 21 juillet 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2648 à 3768 euros bruts selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le travail sera réalisé dans le cadre du projet ALPALGA financé par l'ANR, et portera sur la dynamique spatio-temporelle de la biodiversité des Microalgues terrestres à partir de la caractérisation de l'ADN environnemental des milieux alpins.
Le consortium ALPALGA étudie les microalgues de différents habitats de montagne, y compris les algues poussant dans la neige, afin de caractériser leurs réponses aux conditions environnementales en haute altitude. Les algues à la base des réseaux alimentaires dans les écosystèmes sont largement méconnues dans les environnements terrestres. Cette connaissance est pourtant essentielle pour comprendre les bouleversements que connaissent actuellement les écosystèmes de montagne, dans un contexte de changement climatique marqué par le raccourcissement des saisons hivernales, la baisse du niveau des lacs et le recul des glaciers.
Une première étude de la diversité taxonomique des algues vertes (Chlorophyta) le long des gradients altitudinaux a déjà été réalisée en utilisant des méthodes basées sur l'ADN environnemental ( https://doi.org/10.3389/fpls.2021.679428). En partant de ces résultats, la personne recrutée suivra une approche de métabarcoding ADN visant à (i) décrire la distribution des taxons de Chlorophyta à travers les sites d'échantillonnage à différentes échelles spatiales (au sein d'un bassin versant et le long de transects altitudinaux) ; (ii) évaluer la dynamique spatio-temporelle des Microalgues dans les habitats de montagne (par ex, comparaison entre des types d'habitats identiques situés à des endroits éloignés, variations saisonnières de la couverture du sol et de la neige) en relation avec la co-occurrence de taxons tels que les bactéries et/ou les champignons. Cela doit permettre de poser des hypothèses fonctionnelles sur le rôle des microalgues dans les réseaux d'interactions biotiques au sein des communautés alpines. La mise en place de l'approche de métabarcoding ADN nécessitera la validation de nouveaux codes-barres ADN complémentaires à ceux déjà utilisés.

Activités

La personne recrutée sera impliquée dans la collecte d'échantillons de terrain et la production de données de métabarcoding (extractions d'ADN et amplifications PCR). Il/elle aura en charge la gestion et l'analyse des données brutes NGS à partir de pipelines s'appuyant sur le progiciel OBITools, ainsi que l'analyse et l'interprétation des données dans une perspective écologique, jusqu'à leur valorisation par publication.

Compétences

La candidate ou le candidat devra avoir un doctorat dans le domaine du métabarcoding ADN / de l'ADN du sol et de l'écologie. Compétences de base dans la production et l'analyse de données d'ADN environnemental (biologie moléculaire, bioinformatique -Unix- et biostatistique-R-). Des compétences supplémentaires en écologie des communautés ou microbienne seront très appréciées. Autonomie et compétences interpersonnelles (capacité à travailler en groupe).

Contexte de travail

La personne travaillera au Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA, https://leca.osug.fr/), situé sur le campus de l'Université Grenoble Alpes. Le LECA est un laboratoire de renommée internationale dans le domaine de la biodiversité et de l'écologie. C'est une Unité Mixte de Recherche du CNRS, de l'Université Grenoble Alpes (UGA) et de l'Université Savoie Mont Blanc (USMB), membre de l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG). Les recherches du LECA visent à comprendre les mécanismes à l'origine de la biodiversité, la dynamique spatio-temporelle de la biodiversité et des fonctions associées, et à prédire leur réponse à une variété de facteurs (changement climatique, pollution, changement d'utilisation des terres, espèces invasives, ...), avec un accent particulier sur les écosystèmes alpins.
La personne recrutée doc travaillera sous la co-supervision des Dr Eric Coissac et de François Pompanon. Pour la production de données moléculaires, il/elle s'appuiera sur la plateforme nationale eDNA dirigée par le LECA. Il/elle interagira avec l'équipe de bioinformatique du laboratoire, et aura accès aux moyens informatiques disponibles à l'UGA.

Contraintes et risques

L'activité comprendra une partie dédiée à échantillonnage sur le terrain en montagne, mais dans des zones faciles d'accès.

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