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Offre de postdoc à Toulouse. Projet ERC. Biophysique des biofilms. H/F.

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5502-YOHDAV-001
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : jeudi 8 novembre 2018
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 juin 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire brut mensuel entre 2500 et 4000 euros selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Etude microfluidique de la biophysique des populations bactériennes en milieux poreux

Le postdoc développera un système poreux microfluidique et utilisera des approches de microscopie pour visualiser la dynamique de croissance des populations, ainsi que les champs de vitesse et d'oxygène dans la structure poreuse. Le postdoc utilisera ensuite ce système pour étudier la biophysique : 1) des protozoaires qui se nourrissent des bactéries, et 2) des couplages entre croissance des bactéries et mécanismes de transport, en se concentrant tout d'abord sur la signalisation moléculaire et les motifs d'activation du quorum-sensing au sein de la structure poreuse. Ce travail sera réalisé en collaboration avec des microbiologistes pour la préparation de mutants bactériens et la plateforme nationale de micro-fabrication (LAAS CNRS) pour la microfluidique.

Activités

- Fabriquer un système microfluidique (collaboration avec le LAAS-CNRS)
- Utiliser des approches de microscopie pour visualiser la dynamique des croissance des populations, ainsi que les champs de vitesse et d'oxygène dans la structure poreuse
- Manipuler des microorganismes et réaliser des opérations de base de microbiologie.
- Analyser les données
- Etudier la biophysique de la croissance bactérienne en milieux poreux.
- Ecrire et publier des articles.
- Gérer des collaborations avec microbiologistes, chimistes and des collègues dans d'autres disciplines.

Compétences

- Parler/écrire couramment en Anglais.
- Le candidat retenu sera un expert soit en microfluidique, soit en microbiologie, soit en biophysique des biofilms. Idéalement, elle/il aura une expertise dans ces trois domaines. Elle/il sera également disposé(e) à apprendre d'autres disciplines.
- Dans une certaine limite, le programme de recherche peut être adapté à l'expertise et aux intérêts du candidat.
- Je cherche quelqu'un de très motivé qui sera pleinement impliqué dans le projet.

Contexte de travail

Ce travail de postdoc fait partie d'un projet européen (BEBOP, 2019-2014) financé par l'ERC. Le but de BEBOP est de déterminer si on peut utiliser les bactéries pour contrôler les propriétés de structures poreuses (par exemple la porosité ou la perméabilité). Ceci permettrait de développer une nouvelle génération de biotechnologies, tels que des matériaux de constructions auto-réparant ou des bioréacteurs autonettoyant. L'obstacle scientifique principal pour le développement d'une telle technologie est l'absence de compréhension des mécanismes biophysiques associés au développement de populations bactériennes dans des structures poreuses complexes. Ainsi, le premier objectif de BEBOP est de mieux comprendre comment l'écoulement, les phénomènes de transport et les communautés bactériennes (biofilms) interagissent au sein de structures connectées et hétérogènes. Pour répondre à ces questions, on combinera microfluidique et impression 3D de micro-bioréacteurs poreux ; imagerie par fluorescence et rayons X ; simulations numériques haut-performance qui associent CFD, modélisation cellulaire et approches de type réseaux de pores. Le second objectif de BEBOP est de créer les premiers éléments d'une théorie du contrôle des bactéries en milieux poreux et de construire un bioréacteur de démonstration.

Le laboratoire de recherche à Toulouse est l'Institut de Mécanique des Fluides (Allee Camille Soula, 31400 Toulouse, France), qui est associé à la fois au CNRS et à l'Université de Toulouse. C'est un des plus grands laboratoire de mécanique des fluides en France, avec environ 65 chercheurs, 35 techniciens et ingénieurs, 80 thésards et 20 postdoctorants. Les domaines de recherche couvrent un gamme assez large en mécanique des fluides (biomécanique, turbulence, écoulements multiphasiques etc...). L'IMFT est considéré comme un des meilleurs laboratoires dans son domaine en France.

Contraintes et risques

- Travailler dans un laboratoire de type L2 en microbiologie.
- Manipuler des microorganismes.

Informations complémentaires

- Lab: Allee Camille Soula, 31400 Toulouse, France.

- Plus d'infos @ IMFT, http://yohan-davit.com

- Ne pas hésiter à me contacter pour des questions.

- La date de début est flexible.

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