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Ingénieur d'étude en "Apprentissage profond et traitement d'images" H/F


Date Limite Candidature : mardi 10 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR5297-MELDES0-070
Lieu de travail : BORDEAUX
Date de publication : mardi 20 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 15 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2088.66€ et 2206.09€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Développer des outils d'analyse d'images dans le but de définir un modèle numérique de la synapse et de plusieurs de ses protéines.

Activités

- développer un ensemble d'outils utilisant l'apprentissage profond ainsi que du traitement géométrique et d'images. Les données à analyser seront composées d'images et de nuages de points, extraites de différentes conditions expérimentales. Les développements comprendront : (i) segmentation et classification de la morphologie des synapses par apprentissage profond (Deep Learning), (ii) quantification automatique de l'organisation et de la dynamique de protéines extraites de données de microscopie de molécules uniques et, (iii) fusion de toutes ces informations pour la création d'un modèle numérique de la synapse nécessitant paramétisation, normalisation et traitement géométrique. ;
- prendre part aux discussions concernant la mise en place des acquisitions.
L'ingénieur-e sera amené-e à participer aux tâches communes nécessaires au bon fonctionnement de l'institut.

Compétences

Les candidats-es doivent avoir de solides connaissances en programmation (C/C++, Python). Une connaissance des principes fondamentaux de la microscopie est recommandée. La connaissance d'au moins une bibliothèque d'apprentissage profond (Tensorflow, Keras, Torch, etc.) est requise. Une expérience en traitement d'images médicales ou biologiques est recommandée. D'excellentes aptitudes à la communication, une ouverture d'esprit et une capacité à collaborer dans un environnement interdisciplinaire sont requises.

Contexte de travail

Créé au 1er janvier 2011, l'Institut interdisciplinaire de neurosciences (IINS) est une unité mixte de recherche rattachée au CNRS et à l'université de Bordeaux.
Fort de 160 personnes réparties en 14 équipes, IINS conjugue des compétences multidisciplinaires pour étudier les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans l'activité cérébrale. L'Institut développe des méthodes innovantes en imagerie, chimie, physiologie et informatique. Composante de Bordeaux Neurocampus, IINS est l'un des acteurs majeurs de la communauté des neurosciences en Aquitaine.
L'ingénieur-e sera sous la direction de Florian Levet, chercheur dans l'équipe Imagerie quantitative de la cellule. Notre équipe a une expertise reconnue aussi bien pour le développement de systèmes de microscopie que pour l'analyse quantitative de données biologiques. Au cours des 5 dernières années, l'équipe a publié plusieurs articles à fort impact liés à la microscopie quantitative à haute et super résolution, dont 5 dans le groupe Nature.

Contraintes et risques

Possibilité de travail en horaires décalés

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