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Portail > Offres > Offre UMR5250-THOLAV-001 - Postdoctorat en chimie bioorganique et combinatoire (H/F)

Postdoctorat en chimie bioorganique et combinatoire (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 1 février 2022

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Informations générales

Référence : UMR5250-THOLAV-001
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : mercredi 8 décembre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2663 et 3783 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le développement de sondes sélectives et de candidats médicaments permettant de détecter et de perturber les processus liés aux acides nucléiques a impacté la biologie fondamentale, le diagnostic clinique et la thérapie. Au cours de la dernière décennie, il a été fermement démontré que la formation de structures non-usuelles d'acides nucléiques, tels que les G-quadruplexes (G4), influence de multiples processus cellulaires. Ces structures se forment dans des régions régulatrices clés des génomes et transcriptomes et leur présence chez l'homme et certains pathogènes a été associée au développement de plusieurs maladies telle que les cancers, les infections virales et les troubles dégénératifs.
Grâce à un programme interdisciplinaire, associant chimie bioorganique, chimie combinatoire, biologie moléculaire et mesure biophysique, nous avons l'ambition d'identifier et d'évaluer de nouvelles molécules ayant la capacité de reconnaître et d'interagir spécifiquement avec les structures G-quadruplexes.
L'objectif de ce projet est d'assembler et de cribler une bibliothèque de cyclopeptoïdes dotés d'une diversité moléculaire optimale pour reconnaitre et distinguer des structures G4 distinctes. Cette bibliothèque sera générée par la l'assemblage "split and pool" de fragments organiques portant diverses chaînes latérales et/ou principales. Chaque membre de la bibliothèque sera muni d'un code-barres, selon une technologie d'encodage par l'ADN (DEL), afin de permettre l'identification rapide et efficace des ligands hautement spécifiques qui seront isolés par des procédures de sélection itératives.
Après déconvolution des ligands sélectionnés (séquençage à haut-débit des codes-barres ADN), les paramètres d'interactions des ligands les plus prometteurs seront déterminés au laboratoire à l'aide de méthodes biophysiques (SPR, BLI, titration de fluorescence et dénaturation). Des caractérisations biophysiques/biochimiques supplémentaires et des évaluations cellulaires seront effectuées dans le cadre de collaborations à l'issue du projet.

Activités

- Assemblage d'une librairie combinatoire de cyclopeptoides encodées par l'ADN (technologie DEL): chimie bioorganique, combinatoire & biologie moléculaire de routine.
- Sélection in vitro de la librairie contre des cibles G-quadruplexes
- Traitement bio-informatique des données de sélections après séquençage à haut-débit des codes-barres des ligands sélectionnés (en collaboration).
- re-synthèse sans codes-barres des ligands les plus prometteurs (chimie bioorganique)
- Évaluation des interactions entre les ligands les plus prometteurs et leurs cibles G4: méthodes robustes par détection de fluorescence (en plaque), ou détection optique (en plaque).

Compétences

-Solide expérience en synthèse et/ou caractérisation de biomolécules, de préférence d'acides nucléiques, de peptides et de leurs conjugués.

- Intérêt à travailler sur un projet multidisciplinaire.

- Connaissances et compétences en biologie moléculaire (PCR, ligation) appréciées mais non requises

- Connaissances et compétences en mesure biophysique des interactions appréciées mais non requises

- Maitrise des outils de création de graphes, d'analyse de données (origin, excel) et de visualisation moléculaire (PyMol) appréciées mais non requises

-Veuillez fournir un curriculum vitae, une lettre de motivation et les coordonnées d'au moins deux personnes de référence.

Contexte de travail

Le Département de Chimie Moléculaire (DCM) est une unité mixte de recherche (UMR-5250) associant le CNRS et l'Université Grenoble Alpes. Le DCM mobilise environ 150 personnes autour de deux axes de recherches interactifs que sont la chimie pour la santé et la chimie pour les nanosciences.
Au sein du DCM, l'activité de l'équipe d'accueil (I2BM) comprend, entre autre, la conception et l'étude de bioconjugués (vecteurs peptidiques, glycoconjugués et acides nucléiques structurés) ayant des applications à visées thérapeutiques (vectorisation active, vaccins synthétiques, ...) et diagnostiques (imagerie moléculaire et fonctionnelle, capteur,...) ainsi que dans le domaine des biotechnologies (biocatalyse ...).
Le projet proposé s'inscrit dans l'axe "Synthèse et application de conjugués d'oligonucléotides", il est porté depuis 2018 par un chargé de recherche (Thomas Lavergne) et reçoit la contribution de deux MCF, un IR et un IE pour les divers aspects du projet. Une thèse se termine sur une première partie du projet et toutes les méthodes et techniques associées aux projets sont désormais maitrisées.

Contraintes et risques

Le travail expérimental comporte des risques chimiques classiques. Une formation à la sécurité est obligatoire avant l'accès au laboratoire.

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