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Portail > Offres > Offre UMR5247-NICFLO-002 - contrat Post-Doc en modélisation moléculaire (F/H) (H/F)

contrat Post-Doc en modélisation moléculaire (F/H) (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 1 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR5247-NICFLO-002
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : jeudi 10 novembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2833€ et 3257€ brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) forment une grande famille de protéines membranaires qui constituent des cibles privilégiées pour la conception de nouveaux médicaments. Malgré un large ensemble de structures disponibles, leur mécanisme de régulation à l'échelle moléculaire nécessite encore d'être caractérisé. Ceci est principalement dû au fait que ce mécanisme implique la modulation par différents partenaires (ligands, lipides, ions, effecteurs intra-cellulaires, etc...) des équilibres entre différentes conformations intrinsèques, des caractéristiques qui sont difficiles à capturer par des méthodes structurelles. Les choses sont encore plus compliquées si l'on considère les homo- ou hétéro-dimères des GPCRs. Seules quelques structures dans la PDB décrivent l'orientation possible des protomères de RCPG dans de tels assemblages. Il y a quelques années, nous avons proposé un modèle de l'hétérodimère Ghréline:Dopamine dans lequel chaque récepteur était lié à sa protéine G en même temps. Ce modèle a été validé expérimentalement par la mesure des distances croisées entre les deux récepteurs et les deux protéines G. Grâce à la phase "Grand Challenge" sur la machine Jean-Zay mise à disposition par le GENCI, nous avons déjà réalisé des simulations poussées de ce modèle dimérique et de ses entités isolées. L'objectif de ces simulations est de comprendre le dialogue qui opère dans des assemblages moléculaires de cette taille et de comprendre les mécanismes d'interaction entre les deux protéines.
pour aider à la conception de nouveaux ligands.
Nous proposons ici un contrat de 18 mois, financé par la FRM (fondation pour la recherche médicale) pour un post-doctorant/une post-doctorante très motivé(e), débutant idéalement en début d'année 2023.

Activités

L'objectif du post-doc recruté sera d'analyser les données déjà obtenues et d'exécuter des simulations complémentaires de dynamique moléculaire afin de fournir une vue mécanique globale du comportement de ces systèmes complexes à la surface de la membrane. Le travail sera effectué en étroite collaboration avec les expérimentateurs du laboratoire, y compris les biochimistes et les chimistes à des fins de validation. Cette collaboration pourrait inclure la production de protéines variantes et la synthèse/test de nouveaux ligands.

Compétences

Le candidat/la candidate recherché aura idéalement une bonne expérience dans l'exécution / l'analyse de simulations de dynamique moléculaire de peptides et de protéines, et un doctorat validé dans un domaine associé. Il/elle aura une bonne connaissance des champs de force classiques et des codes MD et notamment de Gromacs ; un plus serait d'avoir déjà pratiqué les champs de force gros grains (MARTINI FF). Le candidat/ la candidate doit être autonome sous l'environnement linux, et connaître au moins un langage de script pour analyser toutes les données produites (python, R, etc...). Il/elle doit parler couramment l'anglais et être capable de présenter ses résultats à des spécialistes ou à des non-spécialistes.

Contexte de travail

Le candidat/la candidate rejoindra l'équipe IBMM F13 'pharmacologie cellulaire' au sein du groupe de modélisation (N. FLOQUET) dans le nouveau bâtiment du pôle chimie balard (campus CNRS) route de mende, Montpellier, France.

Contraintes et risques

aucun risque identifié

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