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Portail > Offres > Offre UMR5239-ISASER-013 - Ingénieur(e) d'étude en bioinformatique (H/F)

Ingénieur(e) d'étude en bioinformatique (H/F)


Date Limite Candidature : vendredi 10 décembre 2021

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Informations générales

Référence : UMR5239-ISASER-013
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : vendredi 19 novembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2100 et 2 300 bruts mensuel
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur(e) sera chargé(e) du développement d'outils bioinformatiques permettant l'analyse de données génomiques et transcriptomiques issues de la levure du boulanger. Il/elle participera à des projets de caractérisation de souches de levure et d'explorations fonctionnelles de mécanismes moléculaires.

Activités

- Développement, implémentation et utilisation de codes informatiques de type “pipelines” permettant le traitement de données de séquençage à haut débit (NGS, Next Generation Sequencing).
- Identifier, concevoir et développer les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées et à la nature des données disponibles.
- Assurer la portabilité, la traçabilité et la durabilité des codes informatiques concernés.
- Participer aux plans d'expériences d'analyses fonctionnelles en formulant des conseils sur la structure des données qui seront générées.
- Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales.
- Assurer la veille scientifique et technologique

Compétences

- Connaissances biologiques des génomes, des mécanismes évolutifs et de l'expression des gènes.
- Connaissance théorique et pratique en programmation et biostatistique (langages R, bash, python et/ou équivalents)
- Maitrise des outils de traçabilité et de développement collaboratif de codes informatiques (git).
- Maitrise de l'environnement Unix/Linux.
- Si possible, avoir des connaissances sur l'implémentation de pipelines sous Nextflow.
- Connaitre les outils de portabilité de codes (conteneurs Singularity, Docker ou équivalent)
- Travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux, bioinformaticiens, biostatisticiens, biophysiciens et biomathématiciens.
- Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
- Disposer d'excellentes qualités relationnelles
- Capacité à travailler en équipe

Contexte de travail

Le poste fera l'objet d'un temps partagé entre l'entreprise LESAFFRE située dans la région Lilloise et le laboratoire de recherche LBMC situé à Lyon. Une partie de l'activité pourra être effectuée en télétravail.
Cette offre de recrutement s'inscrit dans le cadre du plan France Relance sur un projet de collaboration de recherche qui sera soumis à validation de la DRARI (Délégation Régionale Académique à la Recherche et à l'Innovation).

Contraintes et risques

N/A

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