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Développeur informatique (F/H) en charge de l'intégration de données générées dans le cadre du projet CionaConnect dans ANISEED (H/F)


Date Limite Candidature : mardi 5 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR5237-CHRDAN-001
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mardi 14 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2130 et 2460 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le/La développeur/se participera au développement et à la maintenance de la base de données ANISEED. Elle/il développera de nouveaux modules (notamment RNA-seq cellules uniques) et contribuera à réarchitecturer le système pour en augmenter les performances.

Activités

◦ Maintenance, optimisation et développement avancé de la base de données ANISEED, et intégration avancée avec le navigateur morphodynamique Morphonet.

◦ Intégration de données qui seront rendues interactives, explorables et accessibles programmatiquement via le développement d'APIs dédiées et manuellement via des GUIs.

◦ Analyse, clustering et spatialisation des expériences d'ARN-seq cellules uniques (scRNA-seq) et d'Hybridization Chain Reaction réalisées par les équipes des collaborateurs de CionaConnect, les professeurs. T. Horie et W. Smith ou issues de la littérature.

◦ Conception et développement d'un module pour représenter et interroger de manière interactive les données scRNA-seq dans ANISEED.

Compétences

Compétences techniques:

◦ Formation initiale en informatique et statistiques avec un fort intérêt pour les applications biologiques, notamment dans les domaines de la biologie du développement et de la neurobiologie.
◦ Connaissance du système d'exploitation Linux
◦ Maîtrise des langages de programmation et d'interrogation de base de données : PHP, Python, JavaScript, SQL, Cypher, ...
◦ Maîtrise des formats XML, JSON
◦ Connaissance des protocoles réseaux : Http/Https et des API (REST, OpenAPI, Swagger)
◦ Maîtrise des bases de données SQL (PostgreSQL, …) et NoSQL (Neo4J, ...)
◦ Connaissance des méthodes de mise en production, d'intégration continue et de pratique de gestionnaire de workflow
◦ Maîtrise des outils de conception, développement et déploiement d'applications
◦ Maîtrise des outils de versionnement (Git)
◦ Connaissance des principes FAIR et de l'utilisation et de la conception d'ontologies biologiques.

Savoir-faire:
◦ Capacité à appréhender, s'approprier et faire évoluer un code informatique existant
◦ Connaissances des bonnes pratiques de gestion de projet : analyse des besoins, rédaction des spécifications techniques, conduite de réunions, suivi des tâches et du planning
◦ S'exprimer en anglais (écrit/oral) 
◦ Capacité à communiquer efficacement dans un environnement international avec des interlocuteurs/trices varié.es (biologistes, développeurs informaticiens, administrateurs systèmes, bioinformaticiens)
◦ Travailler en équipe       


Savoirs-être
◦ Bon relationnel
◦ Investissement personnel et sens du travail
◦ Capacité de prospective
◦ Réactivité
◦ Organisation, autonomie et rigueur

Contexte de travail

Les équipes de recherche de W. Smith (UC Santa Barbara, USA), P. Lemaire (CNRS/U. Montpellier, France) et T. Horie (Shimoda Marine station, Japon) ont obtenu une subvention internationale multidisciplinaire conjointe pour générer, diffuser et utiliser des outils informatiques pour l'analyse des circuits neuronaux, en se concentrant sur la larve de têtard de l'ascidie Ciona robusta, un proche parent des vertébrés. Le projet générera un atlas en ligne avec une résolution cellulaire du système nerveux central larvaire de l'ascidie Ciona robusta, intégrant les lignages cellulaires, les profils d'expression génétique par RNA-seq cellules uniques et le connectome, et utilisera ces outils pour modéliser in silico le fonctionnement des circuits neuronaux visuomoteurs.


L'équipe de P. Lemaire, basée au CRBM à Montpellier est en charge de la construction de l'infrastructure informatique donnant un accès structuré aux données. Constituée de biologistes et d'informaticiens, l'équipe est très interdisciplinaire et dispose des ressources informatiques nécessaires au projet et d'un large réseau de collaborateurs. La personne recrutée sera au coeur de l'ensemble des projets de l'équipe. Le poste implique des interactions fréquentes avec l'ensemble de la communauté scientifique mondiale travaillant sur les tuniciers, un groupe de scientifiques très soudés et collaboratifs. L'encadrement sera assuré par un biologiste, Patrick Lemaire et une informaticienne, Christelle Dantec.

Le poste sera basé à Montpellier, une ville universitaire très dynamique, jeune et internationale, située dans le sud de la France, avec des loyers abordables et une vie culturelle animée. Elle abrite une communauté scientifique très active dans le domaine des sciences de la vie (santé humaine et environnement).

Contraintes et risques

Travail sédentaire devant écrans informatiques.

Informations complémentaires

Crédits disponibles pour prolonger le poste pour une durée jusqu'à 30 mois.

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