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Portail > Offres > Offre UMR5220-FRECER-002 - INGENIEUR DEPLOIEMENT D'APPLICATIONS WEB POUR LA GENERATION DE DONNEES EXPERTISEES EN IMAGERIE MEDICALE (H/F)

INGENIEUR DEPLOIEMENT D'APPLICATIONS WEB POUR LA GENERATION DE DONNEES EXPERTISEES EN IMAGERIE MEDICALE (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 28 avril 2021

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Informations générales

Référence : UMR5220-FRECER-002
Lieu de travail : VILLEURBANNE
Date de publication : mardi 13 avril 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2000 et 2300 € selon expérience
Niveau d'études souhaité : Ingénieur
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La nécessité croissante d'utiliser des grosses masses de données afin de permettre le développement de modèles suffisamment complexes, robustes et généralisables - notamment dans les développements d'apprentissage statistique et apprentissage profond - s'accompagne d'un renforcement accru autour de la réglementation et la protection des données personnelles, en particulier dans le domaine de l'imagerie médicale. Ce besoin d'accéder à un réservoir important- déjà constitué (pour les études dites rétrospectives) – et/ou en constante augmentation (pour les études prospectives) se heurte à plusieurs difficultés : juridiques, technologiques, ontologiques et computationnelles. Le projet AWESOMME s'inscrit pleinement dans ces défis et propose de porter à maturité une plateforme logicielle purement web, déjà déployée dans le cadre de projets de recherche transverses de l'unité (i.e impliquant plusieurs équipe et services).
La constitution et l'accès de ces bases de données d'imagerie, annotées a fait émerger des besoins importants en développement informatique : afin d'accéder aux données, et en conformité avec la réglementation, une plateforme scientifique, sécurisée, permettant l'accès au système d'archivage des images médicales (PACS), la recherche des images pertinentes, leur visualisation et leur annotation semi-automatique a été déployée sur site clinique en tant que preuve de concept. Cette solution logicielle constitue le point de départ du projet AWESOMME,
La mission du candidat sera de mettre en production une plateforme sécurisée aux membres impliqués des projets cibles (radiomique et neurologique) qui permettra l'accès, la visualisation, la génération automatique et la sauvegarde de régions d'intérêts. Cette plateforme AWESOMME a déjà fait l'objet d'une « preuve de concept » au sein d'un service hospitalier.
La plateforme AWESOMME se base sur des développements ouverts de la suite logicielle OHIF, purement web et permettant de s'affranchir des problèmes d'installation. Elle est pensée pour être le point d'entrée unique (serveur accessible sur l'ensemble du site hospitalier), sécurisée et générique (non limitée à la problématique omique ou SEP) pour annoter et anonymiser les images, rendant ainsi caduque les problématiques législatives.

Activités

Le candidat aura à charge de rendre cette plateforme pérenne, générique et de l'inscrire dans la pratique courante des cliniciens.
Les évolutions d'AWESOMME conduite par le candidat se situeront principalement :
- sur l'extension de l'interface
- mise en place d'outils d'annotations manuelles et semi-automatiques,
- relecture et partage des résultats de segmentation
- généralisation de l'interrogation à d'autres base de données d'images médicales
- l'accès à des ressources de calculs distribuées.

Compétences

Le candidat devra posséder une base extrêmement solide dans le développement JavaScript et en particulier sur le framework React. Les développements principaux se feront sur cette technologie afin d'étendre le Viewer Web. Des connaissances solides en imagerie médicale (DICOM, PACS, NIFTI, …) seraient un plus indéniable.
Langages de programmation: JavaScript, Python,
Technologies : React, Docker, Girder, PACS
Connaissances souhaitées : imagerie médicale, algorithmes segmentation, apprentissage profond

Contexte de travail

- 12 mois (potentiellement renouvelable)
- Salaire selon les grilles de salaire du CNRS
- Financement : CNRS,
- Localisation : Creatis, Campus de la Doua, Villeurbanne /
Creatis, Centre Leon Berard, Lyon

Le candidat bénéficiera des avantages mises à disposition par la délégation sur le campus de la Doua:
• Sociaux
• Aide périscolaire
• Restauration, Aide au transport
• Droit à congés (à partir de 45
jours/an),télétravail sous conditions
• Etablissement engagé (QVT handicap, diversité, parité)
• Accompagnement Mobilité
• Campus Dynamique
• Installation sportives et culturelles
• Cadre de travail exceptionnel
• Plan campus: transports en mode doux

Contraintes et risques

Aucun

Informations complémentaires

L'encadrement sera effectué par différents membres du projet AWESOMME au sein de Creatis:

Frederic Cervenansky, responsable du service informatique et développement, frederic.cervenansky@creatis.insa-lyon.fr
Helene Ratiney, Chercheuse CNRS, Helene.ratiney@creatis.insa-lyon.fr
Benjamin Leporq, Chercheur INSERM, benjamin.leporq@creatis.insa-lyon.fr

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