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Modélisation bayésienne de maladies infectieuses en lien avec des changements socio-écologiques (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR5193-PIEMAZ-001
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 18 mai 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : salaire brut entre 2648 €/mois et 3054€/mois selon qualification
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le post-doctorat est une composante du projet ANR « FutureHealthSEA : Scénarios prédictifs de la santé en Asie du Sud-Est: relier l'utilisation des terres et les changements climatiques aux maladies infectieuses » (https://anr.fr/Projet-ANR-17-CE35-0003) piloté par S. Morand (écologue ; CNRS/CIRAD, actuellement à l'Université de Kasetsart, Bangkok) et C. Lajaunie (juriste, LPED Marseille). Le travail sera réalisé à Toulouse, sous la responsabilité scientifique de P. Mazzega (CNRS, LISST Toulouse) en lien étroit avec S. Morand (aspects épidémiologiques) et C. Lajaunie (liens avec les politiques publiques).
En bref, le projet FutureHealthSEA situé en Asie du Sud-Est vise à développer des scénarios de santé future selon une approche One Health à l'interface homme-animal-environnement. En étudiant les impacts de l'intensification de la circulation le long du corridor économique Thaïlande-Laos (reliant le Myanmar au Vietnam) sur l'évolution des maladies infectieuses (MI) d'intérêt pour la santé publique, il : a) intègre l'écologie et les sciences de l'environnement avec les sciences et politiques de la santé: b) favorise l'intégration des connaissances scientifiques à divers niveaux de décision (régional à local); c) analyse rétrospectivement et comparativement la dynamique des MI associée aux politiques, à l'utilisation des terres et aux changements de la biodiversité ; d) combine des scénarios basés sur des processus prédictifs et des scénarios narratifs axés sur les politiques de la santé, intégrant l'écologie des maladies, l'érosion de la biodiversité, les usages futures de terres et les changements climatiques.
La mission spécifique de la personne recrutée consiste à développer/adapter et exploiter une approche bayésienne de la modélisation des interactions entre maladies infectieuses et changements socio-écologiques ou environnementaux à diverses échelles spatiales. Une analyse de sensibilité complète du modèle sera produite ainsi que des simulations de scenarios de coévolutions entre incidences des MI et changements socio-écologiques ou agro-environnementaux. Un soin particulier sera apporté à l'identification des limites inhérentes à la capacité inférentielle de la structure informationnelle {modèle + données}.
Les données d'incidences des maladies étudiées sont disponibles (mais non publiques) de 2003 à 2019 pour toute la Thaïlande (Ministère Thaï de la Santé). De nombreuses données publiques sociodémographiques, environnementales et agro-environnementales sont également disponibles et devront être prétraitées et organisées pour en faciliter le partage au sein du projet, avant exploitation dans le modèle bayésien.
Un état de l'art des approches bayésiennes de l'épidémiologie sera également produit et fournissant les informations contextuelles sur cette voie de recherche et contribuant aux co-publications.

Activités

Les principales activités de ce post-doctorat – conduites en dialogue avec l'équipe impliquée - sont les suivantes :
• Production d'un état de l'art des approches bayésiennes appliquées à l'épidémiologie des maladies infectieuses (et le cas échéant identification des freeware associés) ;
• Mise en œuvre d'un code bayésien de modélisation épidémiologique et adaptation aux contraintes propres à la réalisation de ce projet ;
• Analyse de sensibilité du modèle (sensibilité aux paramétrages, aux erreurs des données, à certains schémas conceptuels constitutifs de variantes du modèle) ;
• Analyse et identification des limites de la capacité inférentielle de la structure {modèle ° données}
• Prétraitement d'un ensemble hétérogène de données liées au projet et aide à leur mise à la disposition des membres du projet ;
• Participation à la préparation et co-publication d'articles scientifiques ;
• Participation à l'activité de « reporting » du projet.

Compétences

• Expérience solide et attestée (publication(s)) de l'utilisation de modèles numériques bayésiens appliqué à des problèmes complexes (une expérience en épidémiologie serait très appréciée).
• Requis : maîtrise attestée du codage en python et – ce serait un plus – en R.
• Compétence linguistique : anglais parlé, lu et écrit (rédaction d'articles) indispensables.
• Ouverture nécessaire au travail interdisciplinaire.
• Aptitude au travail en équipe et au dialogue.
• Autonomie, capacité organisationnelle et capacité à rendre compte.
• Intégrité scientifique.

Contexte de travail

Le LISST (Laboratoire Interdisciplinaire Solidarités, Sociétés, Territoires, https://lisst.univ-tlse2.fr/) est une Unité Mixte de Recherche en Sciences Humaines et Sociales à large couverture thématique qui relève des sections 36, 38 et 39 du CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique, France). Il est situé à la Maison de la Recherche sur le campus du Mirail de l'Université Toulouse Jean-Jaurès. Le LISST a pour tutelles l'Université Toulouse - Jean Jaurès, le CNRS (http://www.cnrs.fr/), l'EHESS (https://www.ehess.fr/fr) et l'ENSFEA (http://www.ensfea.fr/).
Outre des équipes en France (CIRAD-ASTRE, CNRS – ISEM, )IRD-IEES, le projet FutureHealthSEA est conduit en étroite collaboration avec plusieurs partenaires en Thaïlande, notamment la faculté vétérinaire VETTEC de l'Université de Kasetsart) et la Faculté de Médecine Tropicale de l'Université Mahidol. Des missions de terrains (recueil de données environnementales, écologiques, populationnelles, sociologiques, etc.) sont conduites sous la direction de S. Morand en particulier dans le Nord de la Thaïlande.
Voir aussi: https://anr.fr/fr/actualites-de-lanr/details/news/quels-sont-les-impacts-des-changements-dusage-des-terres-sur-lemergence-de-maladies-infectieuses-e-1/
Profils ResearchGate :
Morand S. : https://www.researchgate.net/profile/Serge_Morand
Lajaunie C.: https://www.researchgate.net/profile/Claire_Lajaunie
Mazzega P.: https://www.researchgate.net/profile/Pierre_Mazzega

Contraintes et risques

Certaines données n'étant pas ouvertes, la personne recrutée devra signer un engagement de confidentialité et de responsabilité à ne pas reproduire ou diffuser ces données (e. g. données du Ministère Thaï de la Santé).
Des déplacements de courte durée en France et à l'étranger sont à prévoir.

Informations complémentaires

Le post-doctorat est une composante du projet ANR « FutureHealthSEA : Scénarios prédictifs de la santé en Asie du Sud-Est: relier l'utilisation des terres et les changements climatiques aux maladies infectieuses » (https://anr.fr/Projet-ANR-17-CE35-0003) piloté par S. Morand (écologue ; CNRS/CIRAD, actuellement à l'Université de Kasetsart, Bangkok) et C. Lajaunie (juriste, LPED Marseille).
Voir aussi: https://anr.fr/fr/actualites-de-lanr/details/news/quels-sont-les-impacts-des-changements-dusage-des-terres-sur-lemergence-de-maladies-infectieuses-e-1/

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