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Portail > Offres > Offre UMR5096-REMMER-006 - Ingénieur bioinformatique NGS H/F

Ingénieur bioinformatique NGS H/F


Date Limite Candidature : mardi 31 janvier 2023

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Informations générales

Référence : UMR5096-REMMER-006
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PERPIGNAN
Date de publication : mardi 10 janvier 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2213€ brut mensuel, ajustable selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Développer de nouveaux pipelines d'analyse NGS et traiter les données de séquençage à haut débit produites par l'équipe d'accueil.

Activités

L'équipe d'accueil s'intéresse aux rôles des régulations post-transcriptionnelles dans le développement et l'adaptation des plantes à leur environnement. L'équipe développe notamment de nombreuses approches haut-débit relatives aux ARN messagers. En vue de renforcer son activité de recherche, l'équipe d'accueil recherche un ingénieur ou une ingénieure en bioinformatique pour un contrat de 12 à 24 mois pour développer des pipelines d'analyse dédiés aux approches NGS de type RNAseq, 5Pseq, m6Aseq ou RIPseq.

Dans ce cadre, la personne recrutée :
- aura en charge le développement de pipelines
- participera à l'analyse des données issues de ces pipelines
- contribuera à la veille scientifique dans ce domaine
- mettra en forme les données en vue de l'écriture de publications

Compétences

Bioinformaticien ou bioinformaticienne titulaire d'un Master ou équivalent minimum, vous maîtrisez les langages/outils suivants :
- Expérience avérée en analyse de données NGS type RNAseq
- R (Bioconductor) et l'utilisation des outils statistiques
- Connaissances approfondies en bash/unix
- Expérience sur cluster de calculs

Vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d'esprit d'équipe.

Contexte de travail

Le Laboratoire Génome et Développement des Plantes est une Unité Mixte de Recherche associé au CNRS et à l'Université de Perpignan qui développe des recherches fondamentales sur la régulation de l'expression des gènes chez les plantes. La personne recrutée intégrera l'équipe SIPTRIP qui s'intéresse aux régulations post-transcriptionnelles chez les plantes. Il/Elle sera notamment rattaché.e aux travaux développés par le Dr. Rémy Merret (CR CNRS) et travaillera aussi en étroite collaboration avec la plateforme bioinformatique de l'unité dirigée par le Dr. Marie-Christine Carpentier (IE CNRS).

Contraintes et risques

Pas de contraintes particulières

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