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Assistant ingenieur en biologie computationelle (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR5086-DORBER-001
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mardi 29 janvier 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 1932 et 2281€ brut mensuel selon experience
Niveau d'études souhaité : Bac+2
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le candidat recruté sera intégré à l'équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOBI). Il aura une double mission visant à (1) assurer le développement, le fonctionnement, et la maintenance des services bioinformatiques développés dans MMSB ; (2) apporter un soutien technique et contribuer à l'avancée des thématiques scientifiques développées dans l'équipe MOBI.

Activités

La personne recrutée aura la charge de :
• Implémenter le portage des algorithmes développés vers des webservices (hébergés sur le site web de MMSB) ou vers des logiciels (distribués à travers le site web de l'équipe MOBI) pour mettre les méthodes et outils développés au service de la communauté scientifique.
• Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l'analyse des trajectoires de simulations moléculaires, réalisées par l'équipe MOBI.
• Implémenter et maintenir des pipelines d'analyse bioinformatique issus des travaux conjoints entre l'équipe MMSB et les biologistes du Laboratoire MMSB.
• Réaliser la veille technologique des programmes et librairies installées sur le cluster de calcul du laboratoire.
• Mettre à jour les environnements de développement des postes de travail utilisés par les membres non-permanents de l'équipe MOBI.
• Superviser les dépôts de version logiciels de l'équipe.
• Pérenniser les codes et les intégrer aux librairies logicielles développées par l'équipe MOBI.

Compétences

• Connaissances théoriques générales dans le domaine de la biologie structurale.
• Connaissances générales des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.
• Connaissances générales des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire.
• Connaissances pratiques du système d'exploitation Linux (incluant les bases de l'administration des systèmes), du langage bash et d'ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.
• Aisance en Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d'analyse de données.
• Connaissance pratique souhaitée des logiciels appropriés aux analyses à large échelle des protéomes.
• Expérience souhaitée dans la conception de workflows de calculs scientifiques.

Contexte de travail

À l'image de l'évolution actuelle de la recherche en sciences de la vie, les travaux des différentes équipes MMSB génèrent de façon croissante de grandes quantités de données qui nécessitent un traitement informatique. MMSB a mise en place deux infrastructures matérielles communes : une dédiée au calcul (576 CPU, 2GPU) et une dédiée aux services web (96 CPU, 2 GPU). La deuxième phase d'exploitation scientifique a pris la forme d'un ensemble de projets en collaboration entre l'équipe MOBI, cinq équipes MMSB, et plusieurs unités contributrices de la SFR Biosciences (LBTI, IBCP, CIRI). La poursuite de ces collaborations crée désormais une charge de travail pour laquelle un ingénieur en bioinformatique est nécessaire.
Le recrutement d'un ingénieur permettrait non seulement la poursuite des travaux en cours, mais aussi la mise en œuvre de nouveaux projets collaboratifs, leur pérennisation, ainsi que la valorisation des outils et connaissances générés, au bénéfice de l'ensemble des équipes de MMSB.

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