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Portail > Offres > Offre UMR5075-JERGAU-003 - Ingénieur(e) de recherche en cryo-microscopie électronique à l'IBS-ISBG (H/F)

Ingénieur(e) de recherche en cryo-microscopie électronique à l'IBS-ISBG (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 28 janvier 2021

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Informations générales

Référence : UMR5075-JERGAU-003
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : jeudi 7 janvier 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Selon expérience et à partir de 2437 € brut
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Les progrès récents de la cryo-microscopie électronique ouvrent des perspectives scientifiques passionnantes dans la compréhension des mécanismes moléculaires en biologie

Dans ce contexte, l'IBS, avec l'ISBG, a structuré une plateforme dédiée à la microscopie électronique, équipée de matériel de très haut niveau dont un cryo-microscope électronique à haute résolution Glacios (plus 2 caméras à détection directe d'électrons). C'est pour répondre aux besoins en compétences que génère ce parc d'équipements sensibles et en évolution rapide que le groupe Microscopie Electronique et Méthodes (MEM) de l'IBS souhaite recruter un ingénieur de recherche (IR).

L'ingénieur-e mettra en œuvre les équipements de la plateforme de cryo-microscopie électronique de l'IBS-ISBG en lien avec l'infrastructure nationale FRISBI (French Infrastructure for Integrated Structural Biology) et européenne Instruct-ERIC (the European infrastructure for Integrated structural Biology). Il ou elle mènera des développements notamment dans les domaines de la préparation d'échantillons, de l'enregistrement et du traitement des données obtenus dans le cadre d'études par cryo-microscopie électronique (cryo-ME). Rôle central au sein de la plateforme, l'IR sera un garant de la bonne utilisation du matériel en accompagnant et formant ses utilisateurs et en participant à sa maintenance.

Activités

Exploitation de l'instrumentation
- Exploiter le cryo-microscope électronique à haute résolution Glacios
- Définir, tester et mettre en place des procédures facilitant le suivi et la standardisation des expériences
- Optimiser les conditions expérimentales (criblage cryo-ME d'échantillons, optimisation haute résolution du microscope) au cas par cas pour les nouveaux échantillons
- Participer, le cas échéant à l'exploitation des 2 autres microscopes électroniques T12 et F20

Traitement d'images
- Développer, mettre en place et mettre à jour des « pipelines » de traitements automatiques des données
- Mettre en place l'accès à distance pour le ME Glacios

Formation et encadrement
- Encadrer et former les utilisateurs à l'usage des instruments (en particulier le Glacios mais également T12 et F20) et du traitement des images
- Conseiller les utilisateurs sur les approches méthodologiques, les méthodes de préparation des échantillons et les méthodes d'analyses d'images/reconstruction 3D/affinement de structures en cryo-ME
- Participer à la mise en place des actions de formation et les animer (atelier de formation, formations permanentes)
- Rédiger des notes techniques

Maintien de l'instrumentation au meilleur niveau et nouveaux développements
- Faire le lien avec les constructeurs et suivre/valider les opérations de maintenance effectuées par ceux-ci.
- Participer à la maintenance basique des microscopes et des instruments annexes (glow discharge, évaporateur carbone et Vitrobot).
- Assurer une veille technologique et scientifique dans le domaine de la cryo-microscopie électronique pour les applications en biologie (molécules isolées, cryo-tomographie électronique).
- S'il y a lieu, coordonner et mettre en place l'utilisation des nouvelles techniques de cryo-microscopie électronique (cryo-ME) ou des nouveaux instruments.
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales, enseignement et brevets.

Recherche :
- Participer aux projets de recherche de l'équipe d'accueil et des utilisateurs
- Possibilité de développer, en accord avec son supérieur hiérarchique, une activité de recherche en méthodologie propre.

Compétences

Connaissances scientifiques
- Etre titulaire d'un doctorat en Sciences du Vivant de préférence ou en Sciences des Matériaux.
- Avoir au moins des notions de base sur les différentes techniques utilisées en Biologie Structurale et en Biochimie.
- Avoir des notions sur les modes de fonctionnement des plateformes de recherche en Sciences du Vivant serait un atout (système qualité, LRQA en particulier).

Savoir-faire opérationnels
- Etre autonome et opérationnel en mode expert (ou capacité à le devenir rapidement) pour l'opération des cryo-microscopes électroniques à haute résolution. Un plus serait la maîtrise des ME de dernière génération
- Maitrise ou connaissance théorique d'au moins un des logiciels d'acquisition d'images pour l'étude de particules isolées ou pour la tomographie électronique (exemples : EPU de TFS, Digital Micrograph, SerialEM etc.)
- Une ou plusieurs des compétences suivantes serait un plus :
• Connaître les différentes approches utilisées en microscopie électronique (analyse de particules isolées de complexes purifiés hydratés-congelés, visualisation, collecte d'images, tomographie, diffraction)
• Connaitre les méthodes de préparation des échantillons (coloration négative, congelés-hydratés, microscopie électronique cellulaire)
• Connaître les aspects théoriques et pratiques du traitement d'images et reconstruction 3D (exemples : Relion, cryoSPARC) et avoir des connaissances en informatique et programmation (Java, JavaScript, Python etc…)

Compétences comportementales et relationnelles
- Curiosité, envie de monter en compétences et de s'investir sur ces missions en plein essor
- Anglais scientifique de niveau C1 selon le cadre européen commun de référence pour les langues
- Capacité à gérer différents projets en parallèle et à arbitrer des priorités et imprévus, respect des délais
- Goût de l'interaction et capacité à travailler en équipe et en lien avec des publics divers (interdisciplinaires et multiculturels)
- Qualités pédagogiques avérées
- Capacité à rendre compte
- Autonomie et sens de l'initiative

Contexte de travail

Situé sur le site EPN (ESRF/ILL/EMBL/IBS) sur la Presqu'île Scientifique de Grenoble, dans un environnement international, l'Institut de Biologie Structurale (IBS) est une unité mixte de recherche de 280 personnes, dont les tutelles sont le CNRS, l'UGA et le CEA. L'IBS fait partie du partenariat pour la biologie structurale (PSB) qui regroupe les composantes de biologie structurale de l'ESRF et de l'ILL ainsi que l'EMBL et l'IBS et permet des échanges quotidiens.

A la fois centre de recherche, plateau technique, site d'accueil et de formation scientifique, l'IBS a pour vocation le développement de recherches en biologie structurale, un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux.

L'activité de recherche de l'IBS se structure en 3 axes et 19 groupes de recherches. Ces équipes s'appuient sur une infrastructure de recherche à la pointe de la technologie qui comprend 12 plateformes.

L'ingénieur(e) de recherche à recruter sera affecté(e) à la plateforme Instruct-ERIC/FRISBI de l'IBS-ISBG (5 personnes) qui s'appuie sur le groupe de Microscopie Electronique et Méthodes de l'IBS (20 personnes). La plateforme est composée de 3 microscopes : un Glacios qui est équipé de détecteurs direct d'électrons, un microscope de criblage cryo qui est aussi utilisé pour la tomographie électronique (Tecnai F20) et un microscope pour la coloration négative. La plateforme est également équipée pour la préparation des échantillons en vue de leur analyse par cryo-EM (systèmes de préparation et congélation des grilles). La cryo-ME est une technique de choix pour l'analyse de la structure et la dynamique des complexes/nanomachines biologiques, avec de nombreux développements technologiques et de nouvelles approches à intégrer dans l'avenir.

Au sein de la plateforme et sous l'autorité directe de son directeur scientifique il /elle interagira au quotidien avec les ingénieurs et techniciens déjà présents sur la plateforme.

La durée du contrat envisagé est de 24 mois, avec des perspectives de poursuite de la mission au-delà.

Contraintes et risques

L'ingénieur-e travaillera en horaire de journée en semaine et pourra être amené à intervenir de manière très ponctuelle le week-end.

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