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Portail > Offres > Offre UAR3426-EDIDEM0-048 - Analyste en bioimagerie (H/F)

Analyste en bioimagerie (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 22 août 2022

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Informations générales

Référence : UAR3426-EDIDEM0-048
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 1 août 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2109€ et 2649€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+2
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La mission principale de l'ingénieur.e est de participer à la création d'outils automatisés d'analyse d'images. Il / elle devra également guider et conseiller les utilisateurs de la plate-forme et promouvoir l'utilisation des meilleures pratiques en matière d'analyse d'images biologiques.

Activités

Activités principales :
- Concevoir et mettre en oeuvre des outils d'analyse et de traitement automatisés d'images en utilisant ImageJ/Fiji, java, python et d'autres plateformes.
- Mettre en place des workflow avancés, par exemple : segmentation d'images, quantification de la distribution des protéines intracellulaires, reconnaissance de formes, suivi de particules dynamiques.
- Former et intégrer des méthodes d'apprentissage profond dans les workflow d'analyse d'images.
- Travailler avec des scientifiques pour écrire et mettre en œuvre des algorithmes permettant de résoudre des problèmes de traitement d'images à partir d'ensembles de données multidimensionnels de microscopie par fluorescence.

Activités associées :
- Former les scientifiques à l'utilisation des outils développés et réaliser des tutoriels
- Participer aux réunions de projet
- Maintenir, répertorier et promouvoir les outils déjà existants
- Communiquer sur les outils développés lors de conférences scientifiques ou dans des journaux scientifiques.

Compétences

- Une solide formation en programmation et en génie logiciel.
- Connaissance des méthodes et outils d'analyse d'images biologiques.
- Bien qu'aucune formation formelle en biologie ne soit nécessaire, un intérêt marqué pour la biologie faciliterait l'interaction avec les utilisateurs biologistes.
- Capacité à travailler en équipe et intérêt pour les approches multidisciplinaires.
- Compétences en communication en français et en anglais.

Contexte de travail

La plate-forme d'imagerie Montpellier Ressources Imagerie (MRI, www.mri.cnrs.fr) est l'une des 16 plateformes technologiques de l'Unité d'appui à la recherche BioCampus Montpellier.

La plateforme MRI offre des équipements (84 instruments) et une expertise (32 personnes) dans les domaines de la microscopie optique, de la cytométrie de flux, de la tomographie à rayons X et de l'imagerie à haut débit. Elle est utilisé par environ 850 utilisateurs chaque année.
MRI est membre de l'infrastructure France BioImaging.

La plate-forme cherche à recruter un ingénieur contractuel pour développer son service d'analyse d'images. L'ingénieur.e sélectionné.e rejoindra une petite équipe d'analystes, travaillant en étroite collaboration avec les biologistes et les microscopistes de l'établissement.

Contraintes et risques

Travail sur poste informatique.

Informations complémentaires

Diplôme souhaité : Master en informatique, (bio) physique, mathématiques appliquées, analyse de bio-images ou un domaine connexe.

Dépôt des candidatures (CV et lettre de motivation) avant le 21 aout 9h.

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