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Ingénieur-e biologiste en analyse de données (H/F)


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Informations générales

Référence : MOY100-SYLLER-006
Lieu de travail : VILLEJUIF
Date de publication : mardi 7 août 2018
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Selon l'expérience du ou de la candidat-e
Niveau d'études souhaité : Supérieur à bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur-e de recherche créera et sera responsable d'une plateforme de “Bioinformatique et analyse de données” sur l'UMR7216. Il/elle sera en charge de la conception, du développement et de la diffusion des outils et méthodologies d'analyse de données “omiques”. Parallèlement à un projet de recherche que le/la candidat-e pourra développer au sein de l'unité, il/elle participera activement aux projets des équipes de l'UMR en qualité de superviseur et de formateur, du traitement et de l'analyse des données brutes, jusqu'à l'interprétation des résultats.

Activités

- Organiser le développement de la Plateforme bio-informatique/bio-analyse de l'UMR.
- Assurer la veille scientifique et technologique dans le traitement des données « omiques »
- Former, conseiller et accompagner les membres de l'unité dans leurs projets d'analyse de données
- Superviser et accompagner les chercheur(e)s dans la mise en forme des résultats pour publication
- Structurer, optimiser et développer les outils (ex: cluster de calcul) et les scripts d'analyse déjà en place dans l'unité et assurer le suivi des interfaces accessibles aux collaborateurs
- Standardiser, structurer et assurer la qualité des méthodologies d'analyses
- Concevoir, proposer de nouvelles approches d'analyses et d'interprétation des données
- Développer, si souhaité, une thématique propre en lien avec la stratégie scientifique de l'UMR
- Mettre à disposition (ou aider à la mise à disposition) des outils développés et valoriser des outils, scripts et analyses réalisés
- S'impliquer dans la formation interne des utilisateurs, déjà mise en place au sein de l'UMR : en particulier, pour définir un plan d'étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé
- Diffuser et/ou participer à la valorisation des résultats sous forme de publications ou de présentations lors de séminaires internes ou externes

Compétences

Savoirs :
- Connaissance des méthodes d'analyse et du traitement des données « omiques » principalement issues de séquençage à haut débit
- Maîtrise des outils mathématiques et statistiques du traitement des données
- Maîtrise des langages de programmation : R, Python, Bash indispensable.
- Connaissance de base en sciences de la vie et en biologie moléculaire
- Expression et compréhension orale et écrite en anglais (niveau 2)

Savoirs faire :
- Maîtrise des outils requis pour l'analyse de données à haut débit
- Capacité à évaluer et garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse
- Mise à disposition / aide à la mise à disposition des outils développés
- Assurer le suivi, la mise à jour et la valorisation
- Capacité à communiquer dans des séminaires internes et externes, et les réunions du Groupe de Bioinformatique de l'UMR

Savoirs-être :
¬ Savoir travailler et interagir avec des biologistes et des bio‐informaticiens
- Respecter et veiller au respect des bonnes pratiques en termes de sécurité des données (éventuellement exigence éthiques dans le cas de données personnelles/médicales associées)

Contexte de travail

Le poste est situé dans l'unité Épigénétique et Destin cellulaire, UMR7216 CNRS - Université Paris Diderot, Bât. Lamarck, 35, rue Hélène Brion - 75013 Paris.

De nombreux projets faisant appel au séquençage à haut débit sont actuellement réalisés au sein de l'UMR et concernent des études génomiques et épigénomiques : ChIP‐Seq, RNA‐Seq, ATAC‐Seq, methylome et ribosome profiling. L'UMR possède donc dans chaque équipe une expertise sur la production et l'analyse de ces données. Une formation annuelle de base en interne, obligatoire pour tous les membres de l'UMR, a été créée pour constituer un socle commun de connaissances en bioinformatique/statistiques (6 semaines, 2 heures/sem) et a débutée en janvier 2018. Elle procure les bases d'un langage commun entre biologistes de formation et (bio)informaticiens.
L'enjeu est d'améliorer la qualité et l'homogénéisation de procédures liées à la production, l'organisation des données et des workflows d'analyses bioinformatiques. Un local ad hoc est dédié aux analyses afin que l'Ingénieur-e puisse interagir au mieux avec les membres des équipes chargés des projets, qui viennent y travailler, afin de superviser au mieux la qualité de leur travail et les guider dans leurs choix.
Un autre enjeu est de mettre en place dans l'UMR le développement de l'intégration de différentes données 'omics' du transcriptome au protéome en passant par l'épigénome etc…

L'agent recruté sera sous la responsabilité directe de la Direction, J. WEITZMAN et V. MEZGER. Dans le futur, le développement de la Plateforme sera aussi motivé par le rapprochement de l'UMR7216 et de l'Institut Jacques Monod dirigé par Michel WERNER, qui s'articule autour de la mutualisation des Plateformes, dont celle de Bioinformatique.

Contraintes et risques

Il est possible que l'ingénieur(e) soit amené à devoir se déplacer sur Paris pour assister à des séminaires, des formations, ou des interactions potentielles avec des collaborateurs. Ces déplacements n'excédant pas la journée, seront à la charge de l'unité si la personne recrutée ne dispose pas de titre de transport

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