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Post-doctorat dans le domaine de l'évolution des génomes et des innovations post-endosymbioses secondaires (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 15 octobre 2022

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Informations générales

Référence : FR550-MAGTOR-017
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mercredi 14 septembre 2022
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 3106 euros brut mensuel selon expérience.
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

- Annotation et caractérisation fonctionnelle des gènes impliqués dans la communication nucléo-chloroplastique des diatomées

Les diatomées sont des microalgues unicellulaires que l'on trouve dans de nombreuses zones aquatiques (océans, zones intertidales, masses d'eau douce, sols, zones de glace) et qui sont responsables d'environ 20 % de la production d'oxygène sur terre. Ces eucaryotes photosynthétiques sont issus d'une endosymbiose secondaire entre un protiste hétérotrophe et une microalgue elle-même issue d'une endosymbiose primaire entre un protiste hétérotrophe et une cyanobactérie (Archaeplastida). On peut donc s'attendre à ce que, chez les diatomées, le transport des protéines traduites dans le cytosol vers le chloroplaste et la coordination de l'expression des génomes intracellulaires présentent des caractéristiques différentes de celles des Archaeplastida. Les diatomées sont donc particulièrement intéressantes d'un point de vue évolutif pour étudier la dynamique des génomes intracellulaires, les modalités de la translocation des protéines dans le chloroplaste et les déterminants génétiques de l'adaptation photosynthétique à différents modes de vie aquatique.

Le chercheur recruté identifiera les acteurs impliqués dans la régulation de l'expression du génome du chloroplaste chez les diatomées et dans les innovations spécifiques du métabolisme et de la biogenèse du chloroplaste, dans ce contexte d'endosymbiose secondaire.

Activités

- Etablir le répertoire des gènes nucléaires produisant des protéines adressées au chloroplaste chez les diatomées
- Identifier les gènes de novo (dérivant de séquences ancestralement non codantes) chez les diatomées
-Approfondir l'analyse (i) des gènes potentiellement impliqués dans la régulation de l'expression du génome du chloroplaste chez les diatomées, en particulier ceux codant pour des protéines -solénoïdes adressées au chloroplaste, et (ii) des gènes de novo adressés à –ou liés à l'activité du- chloroplaste des diatomées
- Annoter ces gènes le plus complètement possible, en exploitant les données d'expression haut-débit disponibles
- Identifier les candidats pour une caractérisation fonctionnelle expérimentale
- Co-encadrement d'étudiant en master possible

Compétences

Savoirs/Connaissances :
- Compétences/expérience en phylogénomique, évolution moléculaire, évolution des répertoires de gènes
- Fortes compétences et expérience en programmation et en statistiques
- Connaissances en biologie évolutive
- Maîtrise de l'anglais scientifique (lecture et rédaction)
- Connaissances en génétique
- Une expérience préalable en méthodes d'apprentissage machine sera un plus

Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre les protocoles expérimentaux
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
- Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
- Innovation, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail.
- Sens de l'organisation.
- Aptitude à travailler en équipe

Contexte de travail

Le travail sera mené au sein du laboratoire d'accueil UMR7141 “Biologie du Chloroplaste et Perception de la lumière chez les microalgues”, dirigé par Dr. Angela Falciatore, et par le co-directeur Dr. Yves Choquet, à l'Institut de Biologie-Physico-chimique à Paris (http://www.ibpc.fr/UMR7141/en/home/). Ce laboratoire, situé au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 30 personnes dont 19 membres statutaires. Il aborde des questions clés sur la biologie, l'évolution et l'écologie des micro-algues en se concentrant sur différentes espèces modèles (p. ex. Chlamydomonas reinhardtii et Phaeodactylum tricornutum) et sur des espèces phytoplanctoniques d'importance écologique, étudiés avec des approches écophysiologiques, biophysiques, biochimiques, génétiques, génomiques et bioinformatiques. Le projet se fera sous la direction d'Ingrid Lafontaine (Professeure, Sorbonne Université) et Angela Falciatore (DR1 CNRS).
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Le projet s'inscrit dans le programme COFUND FP-DYNAMO-PARIS, initiative pour la recherche fondamentale, qui offre un environnement interdisciplinaire dans le centre de Paris afin de former les scientifiques de demain dans le domaine de la biologie physico-chimique. Le but de ce programme de recherche est d'intégrer les connaissances sur l'expression génétique, la biologie membranaire et structurale, et la bioénergétique chez les bactéries, les chloroplastes et les mitochondries dans le contexte général d'améliorer notre compréhension de la biogenèse des membranes transductrices d'énergie. Ces études impliquent l'utilisation de technologies de pointes, la transcriptomique, la spectrométrie de masse, la biologie synthétique, la microfluidique, la modélisation computationnelle et la visualisation. Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux : i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires.
Ils bénéficieront de l'encadrement d'experts reconnus internationalement dans leurs domaines, d'un réseau mondial d'institutions de renom, d'infrastructures de recherche et d'un savoir-faire technique de pointe qui leur permettront de perfectionner leurs compétences scientifiques, de se faire connaître et d'accroître leur compétitivité sur le marché du travail. Une formation spécifique sera proposée aux post-doctorants à travers la participation au cours EMBO sur « Le leadership de laboratoire pour les postdoctorants » lors d'une retraite à Padoue, et par leur participation à des événements de formation complémentaires dédiés aux compétences non techniques.

Contraintes et risques

Vous ne devez pas avoir résidé ou exercé votre activité principale (par exemple travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date de recrutement.

Informations complémentaires

Le dossier de candidature est à rédiger en anglais et à déposer sur le site. Il doit comporter un CV détaillé, un minimum de deux lettres de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme, ainsi qu'une déclaration signée spécifiant que vous êtes en conformité avec la règle de mobilité qui stipule que vous n'avez pas résidé ou exercé votre activité principale (travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des trois années précédant la date du recrutement. Le dossier complet doit aussi être envoyé à Bruno MIROUX & Magdalena TORTYNA, respectivement directeur et manager du projet à l'adresse mail DYNAMOcofund@ibpc.fr. Tel: 33 1 58 41 50 64. Voir détails sur le site http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/

Evaluation
Le poste est conçu comme une première étape dans une carrière de chercheur, et l'évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des institutions partenaires.
Étape 1. Les candidatures de chaque candidat éligible seront évaluées par des experts internationaux indépendants au sein du thème de recherche concerné. Les candidats éligibles seront évalués en fonction de leur mérite, de leur motivation pour le programme, de leur excellence académique et de leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer.
Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien vidéo avec les experts indépendants pour chaque poste ouvert (fin 2022). Après l'entretien, les candidats de la liste restreinte seront invités à une conférence à distance avec le directeur de projet et un membre du conseil d'administration de DYNAMO pour définir le périmètre général du projet, de la formation et de l'environnement de recherche. Les candidats devront rédiger une proposition de projet de 3 pages, apportant leurs propres idées originales, et disposeront de 2 semaines pour la soumettre.
Étape 3. Chaque proposition de projet sera évaluée par l'un des experts indépendants et le membre du conseil d'administration de DYNAMO qui aura évalué le candidat lors des étapes précédentes. La sélection finale sera faite sur la base des notes obtenues aux étapes 1, 2 et 3. La note minimale doit être supérieure à 20/40. Le meilleur candidat se verra offrir le poste de postdoctorant avec une date de début allant du 1er janvier 2023.

Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l'égalité d'accès à l'emploi. Par ailleurs, FP-DYNAMO-PARIS s'engage à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourage explicitement celles-ci à se porter candidates.

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