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Post-doctorat "Approches multi-échelles pour étudier le paysage conformationnel des assemblages de protéines flexibles : Déchiffrer le complexe de la NADPH oxydase" (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 29 octobre 2021

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Informations générales

Référence : FR550-BRUMIR-014
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 17 septembre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Les salaires bruts varieront en fonction de l'expérience du candidat à partir de 3106€/mois (environ 2500€ net) pour un candidat ayant moins de 2 ans d'expérience post-doctorale. Consultez le barème officiel CNRS des salaires des chercheurs sur : http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Attention : vous ne devez pas avoir résidé ou exercé votre activité principale (par exemple travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date de recrutement.
Vous avez une expérience de la recherche dans le domaine concerné par l'annonce.

Ce projet propose de modéliser le complexe NAPDH oxydase (NOX) des phagocytes dont la flexibilité est centrale pour leur activité.
Il s'agit de prendre en compte les différentes conformations potentiellement adoptées par les régions non structurées. Ceci implique l'élaboration d'une nouvelle stratégie computationnelle adaptée à la modélisation de protéines composées de domaines structurés séparés par des segments flexibles.
PI: S. Sacquin-Mara (sophie.sacquin-mora@ibpc.fr), co-PI: A.Taly (taly@ibpc.fr), UPR 9080

Publications liées au projet :
Berlow et al (2015) FEBS Lett 589(19):2433
Dupre-Crochet al (2013) J Leuk Biol 94(4):657
Nunes et al (2013) Traffic 14(11):1118
Ziegler et al (2019) J Biol Chem 294(11):3824
Sumimoto H (2008) FEBS J 275(13):3249
Laurin et al (2017) Biochemistry 56(12):1746
Sacquin-Mora (2018) J Struc Biol 203(3):195
Magnani et al (2017) PNAS 114(26):6764

Activités

- Utilisation de simulations de dynamique moléculaire (MD) pour générer des ensembles conformationnels pertinents pour les linkers flexibles reliant les domaines structurés. Cela nécessitera l'utilisation de champs de force de pointe, qui permettent la modélisation à la fois des régions protéiques structurées et désordonnées.

- Étudier les interactions entre les domaines structurés à l'aide d'une stratégie intégrative de docking (utilisant à la fois des niveaux de représentation en gros grain et tout-atome), qui prendra en compte les contraintes structurelles produites par les simulations MD sur les linkers et les données expérimentales de nos partenaires expérimentaux.

Compétences

- titulaire d'un doctorat en chimie computationnelle, en physique ou en bioinformatique, avec une solide expérience de la modélisation des systèmes biomoléculaires.
-Une expérience des outils de modélisation classiques tels que dynamique moléculaire et docking est impérative.
-Excellentes capacités de communication en anglais, tant à l'oral qu'à l'écrit sont requises.

Contexte de travail

L'Institut de Biologie Physico-Chimique, en association avec le CNRS, offre un environnement exceptionnel aux scientifiques en début de carrière, avec une exposition internationale dynamique animée par des séminaires et des réunions régulières. Le Laboratoire de Biochimie Théorique (LBT) est internationalement reconnu pour le développement et l'application de méthodologies de calcul pour résoudre des problèmes biologiquement pertinents. Ses membres sont actifs dans les domaines du docking, des simulations atomiques et à gros grains, abordant des problèmes tels que les interactions protéines/protéines et protéines/ADN, la dynamique et la fonction des protéines membranaires, le repliement et l'agrégation des protéines.

Le projet s'inscrit dans le programme COFUND FP-DYNAMO-PARIS, initiative pour la recherche fondamentale, qui offre un environnement interdisciplinaire dans le centre de Paris afin de former les scientifiques de demain dans le domaine de la biologie physico-chimique. Le but de ce programme de recherche est d'intégrer les connaissances sur l'expression génétique, la biologie membranaire et structurale, et la bioénergétique chez les bactéries, les chloroplastes et les mitochondries dans le contexte général d'améliorer notre compréhension de la biogenèse des membranes transductrices d'énergie. Ces études impliquent l'utilisation de technologies de pointes incluant la biologie structurale (NMR, cristallographie aux rayons X et CryoEM), la transcriptomique, la spectrométrie de masse, la biologie synthétique, la microfluidique, la modélisation computationnelle et la visualisation. Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires.
Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires. Ils bénéficieront de l'encadrement d'experts reconnus internationalement dans leurs domaines, d'un réseau mondial d'institutions de renom, d'infrastructures de recherche et d'un savoir-faire technique de pointe qui leur permettront de perfectionner leurs compétences scientifiques, de se faire connaître et d'accroître leur compétitivité sur le marché du travail. Une formation spécifique sera proposée aux post-doctorants à travers la participation au cours EMBO sur « Le leadership de laboratoire pour les postdoctorants » lors d'une retraite à Padoue, et par leur participation à des événements de formation complémentaires dédiés aux compétences non techniques.

Contraintes et risques

Le contrat doit démarrer entre le 1er Janvier 2022 et le 31 Mai.

Informations complémentaires

Le dossier de candidature est à rédiger en anglais et à déposer sur le site https://emploi.cnrs.fr/. Il doit comporter un CV détaillé, un minimum de deux lettres de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme, ainsi qu'une déclaration signée spécifiant que vous êtes en conformité avec la règle de mobilité qui stipule que vous n'avez pas résidé ou exercé votre activité principale (travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des trois années précédant la date du recrutement. Le dossier complet doit aussi être envoyé à Bruno MIROUX & Magdalena TORTYNA, respectivement directeur et manager du projet à l'adresse mail DYNAMOcofund@ibpc.fr (Tel: 33 1 58 41 50 64). Voir détails sur le site http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/

Evaluation
Le poste est conçu comme une première étape dans une carrière de chercheur, et l'évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des institutions partenaires.

Étape 1. Les candidatures de chaque candidat éligible seront évaluées par des experts internationaux indépendants au sein du thème de recherche concerné. Les candidats éligibles seront évalués en fonction de leur mérite, de leur motivation pour le programme, de leur excellence académique et de leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer.

Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien vidéo avec les experts indépendants pour chaque poste ouvert (novembre 2021). Après l'entretien, les candidats de la liste restreinte seront invités à une conférence à distance avec le directeur de projet et un membre du conseil d'administration de DYNAMO pour définir le périmètre général du projet, de la formation et de l'environnement de recherche. Les candidats devront rédiger une proposition de projet de 3 pages, apportant leurs propres idées originales, et disposeront de 2 semaines pour la soumettre.

Étape 3. Chaque proposition de projet sera évaluée par l'un des experts indépendants et le membre du conseil d'administration de DYNAMO qui aura évalué le candidat lors des étapes précédentes. La sélection finale sera faite sur la base des notes obtenues aux étapes 1, 2 et 3. La note minimale doit être supérieure à 20/40. Le meilleur candidat se verra offrir le poste de postdoctorant avec une date de début allant du 1er janvier au 31 mai 2022.

Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l'égalité d'accès à l'emploi. Par ailleurs, FP-DYNAMO-PARIS s'engage à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourage explicitement celles-ci à se porter candidates.

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