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Post-doctorat dans le domaine de la régulation de l'expression génétique des gènes chloroplastiques (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 29 octobre 2021

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Informations générales

Référence : FR550-BRUMIR-001
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 17 septembre 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Les salaires bruts varieront en fonction de l'expérience du candidat à partir de 3106€/mois (environ 2500€ net) pour un candidat ayant moins de 2 ans d'expérience post-doctorale. Consultez le barème officiel CNRS des salaires des chercheurs sur : http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Attention : Vous ne devez pas avoir résidé ou exercé votre activité principale (par exemple travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant la date de recrutement.

Caractérisation approfondie de la régulation CES couplant la synthèse de la grande sous-unité de la Rubisco à son assemblage chez Chlamydomonas reinhardtii.
PI: Katia Wostrikoff, UMR7141; wostrikoff@ibpc.fr

Le laboratoire d'accueil possède de longue date une expertise dans les domaines de recherche sur la photosynthèse, la biologie du chloroplaste et la recherche sur les microalgues. Le projet s'inscrit dans le cadre général de l'étude de l'évolution des organites producteurs d'énergie d'origine bactérienne.
Après l'endosymbiose et le transfert massif de gènes des organites au noyau, les chloroplastes et mitochondries ont développé des boucles de régulation négative leur permettant de coupler la traduction de certains de leurs gènes à l'assemblage, au sein des complexes multimériques photosynthétiques et respiratoires d'origine génétique double, des protéines pour lesquelles ils codent. Cette régulation, dénommée processus CES (pour Contrôle par Epistasie de Synthèse), empêche de synthétiser inutilement des sous-unités non assemblées, et permet d'ajuster finement la traduction de gènes codés par les organites à l'assemblage de leurs produits. La Rubisco, enzyme-clé permettant la fixation du CO2, voit ainsi sa grande sous-unité LS, codée par le génome chloroplastique, régulée par le processus CES.
Chez les plantes et les algues vertes, la biogenèse de la Rubisco s'est avérée relativement complexe. La synthèse de la sous-unité LS, codée par le génome chloroplastique, requiert au moins un facteur trans-activateur chloroplastique, et pas moins de 5 chaperonnes assurent son repliement, sa stabilisation, l'oligomérisation sous forme de tétramères de dimères et son assemblage ultérieur avec la SS, pour donner le complexe LS8SS8. Nous avons récemment déterminé que l'octamère LS8, lié à au moins l'une des chaperonnes, agit comme régulateur de la synthèse de la LS.
Le chercheur recruté continuera d'explorer les caractéristiques du processus CES couplant la synthèse et l'assemblage des sous-unités chloroplastiques et nucléaires de la RuBisCO -LS and SS- chez la microalgue Chlamydomonas reinhardtii.


Publications liées au sujet :
Wietrzynski, W., Traverso, E., Wollman, F.A., and Wostrikoff, K. (2021). The state of oligomerization of Rubisco controls the rate of synthesis of the Rubisco large subunit in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell 33, 1706-1727.
Majeran, W., Wostrikoff, K., Wollman, F.A., and Vallon, O. (2019). Role of ClpP in the Biogenesis and Degradation of RuBisCO and ATP Synthase in Chlamydomonas reinhardtii. Plants (Basel, Switzerland) 8.
Wostrikoff, K., Clark, A., Sato, S., Clemente, T., and Stern, D. (2012). Ectopic expression of rubisco subunits in maize mesophyll cells does not overcome barriers to cell type-specific accumulation. Plant physiology 160, 419-432.
Feiz, L., Williams-Carrier, R., Wostrikoff, K., Belcher, S., Barkan, A., and Stern, D.B. (2012). Ribulose-1,5-bis-phosphate carboxylase/oxygenase accumulation factor1 is required for holoenzyme assembly in maize. Plant Cell 24, 3435-3446.
Johnson, X., Wostrikoff, K., Finazzi, G., Kuras, R., Schwarz, C., Bujaldon, S., Nickelsen, J., Stern, D.B., Wollman, F.A., and Vallon, O. (2010). MRL1, a conserved Pentatricopeptide repeat protein, is required for stabilization of rbcL mRNA in Chlamydomonas and Arabidopsis. Plant Cell 22, 234-248.
Wostrikoff, K., and Stern, D. (2007). Rubisco large-subunit translation is autoregulated in response to its assembly state in tobacco chloroplasts. Proc Natl Acad Sci U S A 104, 6466-6471.
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Activités

-identifier la composition complète du complexe régulateur CES, incluant possiblement de l'ARN
-comprendre l'action des chaperonnes dans la régulation CES
-tester si le processus CES constitue ou non une innovation postérieure à l'endosymbiose

Compétences

Savoirs/Connaissances :
-Connaissances générales en biologie
-Connaissance approfondie de la biologie des organites
-Connaissances approfondies en biochimie et dans le domaine des interactions protéiques
-Connaissances en biologie moléculaire
-Maitrise de l'anglais scientifique (lecture et rédaction)
-Connaissance de base en traitement de données numériques
-Une expérience préalable en microbiologie et/ou protéomique sera un plus

Savoir-faire :
-Concevoir et mettre en œuvre les protocoles expérimentaux
-Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats, préparation de présentations orales).
-Préparer des articles pour publication dans des revues internationales à comité de lecture

Savoir-être
-Innovation, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail.
-Sens de l'organisation.
-Aptitude à travailler en équipe

Contexte de travail

Contexte du travail
Le travail sera mené au sein du laboratoire d'accueil UMR7141 “Biologie du Chloroplaste et Perception de la lumière chez les microalgues”, dirigé par Dr. Angela Falciatore, et par le co-directeur Dr. Yves Choquet, à l'Institut de Biologie-Physico-chimique à Paris (http://www.ibpc.fr/UMR7141/en/home/). Ce laboratoire, situé au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 30 personnes dont 19 membres statutaires. Le projet se fera sous la direction de Katia Wostrikoff.

Le projet s'inscrit dans le programme COFUND FP-DYNAMO-PARIS, initiative pour la recherche fondamentale, qui offre un environnement interdisciplinaire dans le centre de Paris afin de former les scientifiques de demain dans le domaine de la biologie physico-chimique. Le but de ce programme de recherche est d'intégrer les connaissances sur l'expression génétique, la biologie membranaire et structurale, et la bioénergétique chez les bactéries, les chloroplastes et les mitochondries dans le contexte général d'améliorer notre compréhension de la biogenèse des membranes transductrices d'énergie. Ces études impliquent l'utilisation de technologies de pointes incluant la biologie structurale (NMR, cristallographie aux rayons X et CryoEM), la transcriptomique, la spectrométrie de masse, la biologie synthétique, la microfluidique, la modélisation computationnelle et la visualisation. Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires.
Les chercheurs post-doctoraux auront l'opportunité de développer leurs projets de recherche dans un environnement scientifique dynamique couvrant trois thèmes de recherche principaux: i) La biologie de l'ARN des bactéries aux chloroplastes, ii) La dynamique des systèmes membranaires et iii) la modélisation computationnelle des assemblages moléculaires. Ils bénéficieront de l'encadrement d'experts reconnus internationalement dans leurs domaines, d'un réseau mondial d'institutions de renom, d'infrastructures de recherche et d'un savoir-faire technique de pointe qui leur permettront de perfectionner leurs compétences scientifiques, de se faire connaître et d'accroître leur compétitivité sur le marché du travail. Une formation spécifique sera proposée aux post-doctorants à travers la participation au cours EMBO sur « Le leadership de laboratoire pour les postdoctorants » lors d'une retraite à Padoue, et par leur participation à des événements de formation complémentaires dédiés aux compétences non techniques.

Contraintes et risques

Le contrat doit démarrer entre le 1er Janvier 2022 et le 31 Mai.

Informations complémentaires

Le dossier de candidature est à rédiger en anglais et à déposer sur le site https://emploi.cnrs.fr/. Il doit comporter un CV détaillé, un minimum de deux lettres de référence, une lettre de motivation décrivant vos objectifs de carrière à court et long terme, ainsi qu'une déclaration signée spécifiant que vous êtes en conformité avec la règle de mobilité qui stipule que vous n'avez pas résidé ou exercé votre activité principale (travail ou études) en France pendant plus de 12 mois au cours des trois années précédant la date du recrutement. Le dossier complet doit aussi être envoyé à Bruno MIROUX & Magdalena TORTYNA, respectivement directeur et manager du projet à l'adresse mail DYNAMOcofund@ibpc.fr (Tel: 33 1 58 41 50 64). Voir détails sur le site http://labexdynamo.ibpc.fr/fp-dynamo-paris/

Evaluation
Le poste est conçu comme une première étape dans une carrière de chercheur, et l'évaluation des candidats sera principalement basée sur leurs qualifications en recherche et leurs compétences pouvant compléter et renforcer la recherche en cours au sein des institutions partenaires.

Étape 1. Les candidatures de chaque candidat éligible seront évaluées par des experts internationaux indépendants au sein du thème de recherche concerné. Les candidats éligibles seront évalués en fonction de leur mérite, de leur motivation pour le programme, de leur excellence académique et de leurs qualifications personnelles telles que leur aptitude à collaborer et communiquer.

Étape 2. Un maximum de trois candidats sera retenu pour un entretien vidéo avec les experts indépendants pour chaque poste ouvert (novembre 2021). Après l'entretien, les candidats de la liste restreinte seront invités à une conférence à distance avec le directeur de projet et un membre du conseil d'administration de DYNAMO pour définir le périmètre général du projet, de la formation et de l'environnement de recherche. Les candidats devront rédiger une proposition de projet de 3 pages, apportant leurs propres idées originales, et disposeront de 2 semaines pour la soumettre.

Étape 3. Chaque proposition de projet sera évaluée par l'un des experts indépendants et le membre du conseil d'administration de DYNAMO qui aura évalué le candidat lors des étapes précédentes. La sélection finale sera faite sur la base des notes obtenues aux étapes 1, 2 et 3. La note minimale doit être supérieure à 20/40. Le meilleur candidat se verra offrir le poste de postdoctorant avec une date de début allant du 1er janvier au 31 mai 2022.

Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l'égalité d'accès à l'emploi. Par ailleurs, FP-DYNAMO-PARIS s'engage à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourage explicitement celles-ci à se porter candidates.

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