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Portail > Offres > Offre UMR7009-FREBON-003 - Ingenieur d'étude en Bio-informatique (H/F)

Ingenieur d'étude en Bio-informatique (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR7009-FREBON-003
Lieu de travail : VILLEFRANCHE SUR MER
Date de publication : mercredi 10 mai 2017
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2017
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2016,21 € et 2556,94 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Ingénieur
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le projet propose une approche « single cell RNA-seq (scRNA-seq) » des progéniteurs de deux lignages de cellules d’ascidies isolés manuellement à des stades bien précis. Il y aura au total 15 types de cellules comprenant des cellules voisines comme contrôle. Nous souhaiterions analyser 6 réplicas biologiques pour chaque type cellulaire. Le projet générerait ainsi 90 transcriptomes à analyser. L’ingénieur(e) sélectionné(e) devra mettre en place l’analyse de ce jeu de donnée (qualité contrôle, alignement, normalisation et comptage des reads) en utilisant des approches similaires à l’analyse de données RNAseq classiques. De plus, des méthodes d’analyse spécifiques des données « single-cell » seront également utilisées.

Activités

L’ingénieur(e) sélectionné(e) devra mettre en place l’analyse de ce jeu de donnée (qualité contrôle, alignement, normalisation et comptage des reads) en utilisant des approches similaires à l’analyse de données RNAseq classiques. De plus, des méthodes d’analyse spécifiques des données « single-cell » seront également utilisées.

Compétences

- expérience dans l’analyse statistique à l’échelle du génome en utilisant le langage R.
- Anglais : compréhension écrite et orale niveau II; expression écrite et orale : niveau II

Contexte de travail

L’ingénieur(e) sélectionné(e) sera basé(e) à l'observatoire océanologique de Villefranche sur mer sous la supervision directe du responsable de l'équipe "Évolution de génomes et protéines animales" et en collaboration avec l’équipe "Destin cellulaire du Laboratoire de biologie du développement de Villefranche sur mer.

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